plink各种格式转换

作者: 又是一只小菜鸟 | 来源:发表于2019-04-09 15:14 被阅读41次

    PLINK软件输入文件的常见格式类型:

    1,一般格式:PED/MAP
    2,转置格式:TPED/TFAM
    3,二进制格式:BED/BIM/FAM
    几种格式之间可以相互转换。推荐使用BED/BIM/FAM这种格式,读取速度快。
    bed文件包含SNP数据,是二进制格式,不能由Notepad++等文本编辑器打开。
    bim文件包括SNP位置信息。
    fam文件包括家系表型信息,这两种文件都是文本格式。

    1、ped/map 转换为 tped/tfam 格式

    plink --ped test.ped --map test.map --recode --transpose --out test1
    或者
    plink --file test --recode --transpose --out test1 
     #生成test1.tped和test1.tfam文件
    

    2、tped/tfam 转换为 ped/map 文件

    plink --tped test1.tped --tfam test1.tfam  --recode --out test2
    或者
    plink --tfile test1 --recode --out test2   
    #生成test2.ped和test2.map文件
    

    3、生成二进制格式输入文件

    #ped/map转为二进制格式
    plink --file test --make-bed --out test3
    #tfam/tped转为二进制格式
    plink --tfile test1 --make-bed --out test3
    #生成test3.bed,test3.bim和test3.fam文件
    

    4、二进制格式转为 tped/tfam 或 ped/map

    #用bfile来读取test3.bed,test3.bim和test3.fam文件
    #生成test4.tped和test4.tfam
    plink --bfile test3 --recode --transpose --out test4
    #生成test5.ped和test5.fam
    plink --bfile test3 --recode --out test5
    

    其他格式转换命令:--recodeAD,SNP编码成加性显性模式,以0、1、2编码SNP,NA为缺失值;--recode12,SNP编码为数字1或2,缺失值为0.

    参考推文:
    https://www.cnblogs.com/leezx/p/9013615.html
    http://zhangyy.site/notes/2015/04/04/GWAS2file.html

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