疾病是与健康、亚健康相对的另一种状态，当然疾病也总被认为是人的生命过程中的一种反常和不必要的负面现象，因而人们必欲除之而后快。而疾病是如何产生的在今天已经有了很多深刻的解释，例如可以从分子生物学和基因组学的水平加以阐释。但是在《我们为什么生病》的作者看来，疾病的原因就是两大类，一是近因，包括生物、解剖、生理和生物化学在内的原因，二是远因，即进化史的原因。
近因主要解决为什么，是什么问题，而进化论则是要解决怎么办的一个问题。
简单点说，近因只针对的当下某一疾病的研究，而进化论则是从人类进化史这样一个维度中去探究。而这本《我们为什么生病》则是后者，从基因演化的选择谈疾病问题。
以心肌梗塞为例，脂肪摄入过多和具有动脉粥样硬化易感基因是心肌梗塞的主要原因，这就是该病的近因。但是，为什么自然选择没有剔除掉促使人们喜好脂肪食物的基因和胆固醇沉积的基因，这就是进化的原因，即我们为何会被设计成这个样子。近因所要阐明的问题是，机体现在怎样运转，为什么有些人得病而有些人不得病。进化原因(远因)则是就整体而言，为什么人类对某一些疾病易感而对另一些疾病不易感。
归纳起来，近因所解答的是什么和怎样，是关于构造和机制的问题。而进化史需要回答的是为什么，是关于起源与功能的问题。这种阐述有点像科学与技术的区分，科学是阐明什么和为什么，而技术是说明做什么和怎样做。现在，大部分医学研究是在追寻近因，解释机体的某些部分怎样工作，或者某种疾病怎样打乱了这一功能。但是，生物进化则想要解释为什么以及怎样会是现在这样。这是生物学的另一半工作，但这在医学中是不被重视的。
为了理解疾病应当结合近因和远因的方法来解释疾病，而且，如果主要从进化论来解释疾病，则疾病的诱因和表现有六大类。
一是防御(防卫)。在作者看来，防御并非是疾病的原因，但是防御反应常常与疾病的其他症状相混淆，所以似乎应把防御看成是疾病的诱因和表现，例如患严重肺炎可能出现面色青灰、呼吸窘迫，同时有剧烈的咳嗽。面色青灰、呼吸窘迫是疾病的表现，而咳嗽则是一种防御机制。
二是感染。这种现象是细菌或病毒把人体看作是它们的食物。它们感染人类是永无休止和不断升级的，因为人类并不能消灭所有的病原微生物。
三是新环境。人类是从非洲走出而进化到如今的，现在却在面临汽车、空调、药物和污染等急剧变化的环境。如果不能适应，就会生病。
四是基因。基因是疾病的根源已得到广泛认同。人类的某些基因虽然可以引起疾病，但却保留了下来。但应当看到，基因的作用是可变的，当我们生活在更加接近自然的环境之中时，许多致病基因是无害的。
五是人体设计上的折衷方案。这如同某些基因给人一定的利益，但却让人付出一定的代价。如直立行走既有利于携带物体，又让人背痛。
六是进化过程遗留下来的历史问题。进化是一种渐进过程，所以会有历史遗留问题的困扰。例如，气管与食管有交叉重叠部分，这就有可能让人吃东西时被呛住。这在幼儿身上最能体现。幼儿的气管与食管交叉处的会厌软骨发育不成熟，功能不健全，当幼儿口中含物说话、哭笑和剧烈活动时，容易将口含物吸入气管内引起气管阻塞，导致窒息。
既是一场进化，我们为什么不能筛去那些有缺憾的基因？作者认为，人类当下面临的很多疾病都是基因进化过程中的副产品，是人体基因与细菌、病毒之间的一场军备博弈的结果。
带缺憾的基因因为在博弈中取胜，得以保留、生存，这也意味着它们身上潜藏的危险将在某天爆发，成为人自身无法避免的疾病。
当初为了生存的选择，现在也只能承担。我们的身体就是一个折中体，是在平衡中寻求生存。
不论是基因，任何事、任何人在面临选择时求生是第一要务，而这背后就必然出现残酷、自利的一面，但作为决定者，就必须去面对这一系列的副产品，并非常清楚的知道利益天枰只能站一边。
基因为了延续做出选择，在利弊间加以平衡，而人的生活则是有阶段性的为某一目的在得失间做平衡，所以不论对基因，对人来说，我们都必须具备为选择结果承担的能力。
从疾病的角度引出基因选择问题，进一步认识到世间一切不过是利益平衡问题，没有绝对的黑白、好坏，但人要做到的就是敢选且敢担。
这是一场生存的竞技而非简单的生活。
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