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【自用】RNA与蛋白互作分析工具(持续更新2022.6.22))

【自用】RNA与蛋白互作分析工具(持续更新2022.6.22))

作者: 学生信的大叔 | 来源:发表于2022-06-22 22:16 被阅读0次

其实看到了好几篇基于深度学习和机器学习的文章,也公开了代码,但是都是基于python的。脚本不说如何配置,不说python版本,全靠猜还一个也没猜对。对于不会python的人来说,这十分、相当、特别的不友好!

  1. catRAPID omics v2.0
    cat RAPID 是一种估计蛋白质-RNA 对结合倾向的算法。通过结合二级结构、氢键和范德华贡献,cat RAPID 可以非常准确地预测蛋白质-RNA 的关联。
    cat RAPID omics v2.0是一个可免费访问的 Web 服务器,用于预测许多模型生物中的蛋白质-RNA 相互作用倾向
    在线网址:catRAPID(旧版):
    http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group
    catRAPID omics v2.0
    http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_omics2_group
    文章:catRAPID omics v2.0: going deeper and wider in the prediction of protein–RNA interactions
    Nucleic Acids Res (IF: 16.97; Q1)
    我:还没测试。貌似是一次只能输入一对儿运行,有点不好搞。本地批量运行能否实现?
  2. LPIDF
    还未测试,如果测试不出来 ,就把这个工具删了……
    文章地址:A novel lncRNA-protein interaction prediction method based on deep forest with cascade forest structure
    Sci Rep (IF: 4.38; Q1)
    github:https://github.com/plhhnu/LPIDF
  3. LPI-deepGBDT
    文章:LPI-deepGBDT: a multiple-layer deep framework based on gradient boosting decision trees for lncRNA–protein interaction identification
    BMC Bioinformatics (IF: 3.17; Q3)
    github:https://github.com/plhhnu/LPI-deepGBDT
    还未测试。
  4. lncPro
    是个在线网站,我的梯子坏了,还打不开。
    网址:http://bioinfo.bjmu.edu.cn/lncpro/
    简书:lncRNA靶基因预测

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      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/kxouvrtx.html