【自用】RNA与蛋白互作分析工具（持续更新2022.6.22））

其实看到了好几篇基于深度学习和机器学习的文章，也公开了代码，但是都是基于python的。脚本不说如何配置，不说python版本，全靠猜还一个也没猜对。对于不会python的人来说，这十分、相当、特别的不友好！

1. catRAPID omics v2.0
   cat RAPID 是一种估计蛋白质-RNA 对结合倾向的算法。通过结合二级结构、氢键和范德华贡献，cat RAPID 可以非常准确地预测蛋白质-RNA 的关联。
   cat RAPID omics v2.0是一个可免费访问的 Web 服务器，用于预测许多模型生物中的蛋白质-RNA 相互作用倾向
   在线网址：catRAPID(旧版):
   http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group
   catRAPID omics v2.0
   http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_omics2_group
   文章：catRAPID omics v2.0: going deeper and wider in the prediction of protein–RNA interactions
   Nucleic Acids Res (IF: 16.97; Q1)
   我：还没测试。貌似是一次只能输入一对儿运行，有点不好搞。本地批量运行能否实现？
2. LPIDF
   还未测试，如果测试不出来 ，就把这个工具删了……
   文章地址：A novel lncRNA-protein interaction prediction method based on deep forest with cascade forest structure
   Sci Rep (IF: 4.38; Q1)
   github：https://github.com/plhhnu/LPIDF
3. LPI-deepGBDT
   文章：LPI-deepGBDT: a multiple-layer deep framework based on gradient boosting decision trees for lncRNA–protein interaction identification
   BMC Bioinformatics (IF: 3.17; Q3)
   github:https://github.com/plhhnu/LPI-deepGBDT
   还未测试。
4. lncPro
   是个在线网站，我的梯子坏了，还打不开。
   网址：http://bioinfo.bjmu.edu.cn/lncpro/
   简书：lncRNA靶基因预测