10x scATAC简介

首个商业化的单细胞ATAC解决方案

https://www.10xgenomics.com/10x-university/single-cell-atac/

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一、产品特征

在单细胞分辨率下解析表观组

低线粒体reads（例如：GM12878细胞<2%）

每个通道可检测500-10,000细胞核（8通道/芯片）

每芯片上细胞核捕获效率达65%

支持细胞系、初级细胞、新鲜和冻存样本

一站式分析和可视化工具支持

二、解决方案框架

三、 文库构建和测序

#注：不要将10xATAC文库和其他10x文库混合测序

建议每个细胞核测25,000 reads对

四、分析流程

提供了一键化的分析软件和可视化软件，即Cell Ranger ATAC Pipeline和Loupe Cell Browser:

Cell Ranger ATAC Pipeline:

（1）对染色质开放区域进行鉴定和注释

（2）每个样本分析10,000个核

Loupe Cell Browser:

（1）细胞cluster中可视化染色质开放区域

（2）查看和比较兴趣区域中的peaks

（3）鉴定特定细胞簇中富集的转录因子motif

https://www.10xgenomics.com/10x-university/single-cell-atac/