应用笔记的核心问题就是具体化到现实情境的应用性问题：“我应该怎么把它用在不同的方面？”或“在不同的方面、特殊的情况下应该怎么做？”
规则笔记和应用笔记都是关注实用性问题，但为何还有分为两种笔记呢？直接合并为实用笔记不是更好？这也是一种可行的分类方法，但之所以分为两类，是为了在不同的阶段关注不同的问题，两者关注的是一般问题和特殊问题的区别，如果一开始就既关注通则又关注细节，就会两方面都做不好。
应用笔记和规则笔记相同的地方在于都是为了解决某个问题，区别在于，规则笔记要解决的是一般情况下的通用问题，也就是针对同一类型的问题或同一类型的人所制定的通则，所提出的一套基本解决方法，而这套方法要在不同的情况下作出不同程度的调整才能更好使用，所以规则笔记的结构越简约越好，越简约可以使用的范围就越广；而应用笔记则是解决特殊情况下的具体问题，针对的是具体的事物或某个个体，重点在于要注意的细节和差异性，目的是在现实情况下如何把通用的方法灵活应用以便解决某个具体的实际问题。
用一个不太恰当的例子来做个说明，在仙侠小说里，规则笔记就像一个修真者修炼的基本心法，而应用笔记则是具体的法术，心法提供基础的法力，而要把法力发挥出来，需要通过不同的法术，每个法术都基于心法，但又有各自的区别。
再举个例子，规则笔记就像一把刀，把刀用于切菜还是杀人，用法肯定有所不用，而就算用在切菜，切蔬菜还是切肉，切硬的、软的还是黏糊的材质，要注意的地方也不同。刀的基本用法就是拿起来再切下去，但切不同的东西，就要采用不同的角度、不同的速度和不同的力道了，这就是应用笔记要做的工作。
做应用笔记可以提的问题：
- 在这个点，我具体要如何操作？
- 在这个方面，我可以具体做些什么？
- 在这个领域，可以把基本的步骤做怎样的变通？
- 在这个情况下，我应该如何灵活应用所学到的方法？
- 这个方法，还可以用在哪些方面，具体怎么用？
- 把这个方案用在这个地方，是否依然能发挥作用，如果不能，要做怎样的调整？
- 这个方法对我而言，要怎样才适用？
- 这个步骤，在这种情况下，要注意哪些事项？
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