我们之前提过一个话题，关于现在研究miRNA是否过时。但如果21年的今天有人跟你说公共数据纯生信做ceRNA，还能发7+，是不是觉得肯定在忽悠人。从ceRNA理论被提出来到现在已经很长时间了，可以说能挖掘出来做ceRNA的公共数据，肯定都被研究过了。所以当小编看到今天这篇文章的第一眼，就觉得不简单。因为这个癌型19年有研究人员构建过ceRNA，最后发表在了两分多的杂志上。所以，这篇文章的过人之处，非常值得学习。
文章1月份在线发表在Molecular Therapy-Nucleic Acids（IF: 7.032）。
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Comprehensive Analysis to Identify DLEU2L/TAOK1 Axis as Prognostic Biomarkers in Hepatocellular Carcinoma
综合分析确定DLEU2L / TAOK1轴为肝细胞癌的预后生物标志物
一、摘要：
肝细胞癌（HCC）是危害人类健康的最致命的恶性肿瘤之一。越来越多的证据强调了竞争性内源RNA（ceRNA）调控网络在各种人类癌症中的关键作用。但是，尚不清楚在肝癌中ceRNA网络的复杂性和行为特征。在这项研究中，作者旨在阐明PTEN相关的ceRNA调控网络，并确定与HCC相关的潜在预后标记。
二、材料方法：
TCGA 肝癌与正常样本，GEO，CCLE细胞系数据，THPA蛋白数据。
差异表达，功能富集，生存分析，甲基化分析，免疫浸润。
三、结果：
1.PTEN过表达的肿瘤抑制作用和预后价值
图1.PTEN在人肝癌中的抑癌作用
2.差异表达基因识别（DEmRNAs, DElncRNAs, DEmiRNAs）
图2.差异表达火山图和热图
3.lncRNA-miRNA-mRNA三元调控网络的构建
图3.三元调控网络构建与功能分析
4.构建和验证ceRNA网络以及选择肝癌特异的预后模型
图4.13个hub-RNA表达
图5.hub三元调控网络生存分析
图6.ceRNA网络的构建和相关分析
5.lncRNA/mRNA调控轴在肝癌患者中的临床意义
6.TAOK1表达的验证
7.TAOK1表达水平与甲基化相关性分析
图7.TAOK1甲基化分析
8.TAOK1表达与免疫浸润相关性
图8.TAOK1免疫浸润分析
9.TAOK1相关功能富集分析
总结：
虽说文章最终构建了ceRNA调控网络，但其实相比之前的ceRNA思路，还是有很大区别。这篇文章相比之前的ceRNA研究思路，研究的点更精准。以往都是整体上构建ceRNA网络，其实是比较模糊的。这篇文章其实也有单基因分析的影子，着眼于单个基因相关的ceRNA网络，对于调控机制的探索，更加细致。利用公共数据分析，不管是ceRNA还是分析单个基因，其实都比较难发表。这两者的结合，不知道你是否想到过，更多的生信人远传文章见：生信人。
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