DIAMOND: 比对

1. 基础比对

diamond blastx --db reference_prefix --query reads.fasta --out output.name --outfmt 6 --threads 20 --max-target-seqs 10000 --evalue 0.001
diamond blastp --db reference_prefix --query reads.fasta --out output.name --outfmt 6 --threads 20 --max-target-seqs 10000 --evalue 0.001

--max-target-seqs : 对于每条query最多输出的top subject数目，默认是25
--evalue : e-value的cutoff，默认是0.001

Note : 在写reference的时候，注意只写建立的reference的前缀

2. 定制输出格式

diamond blastx --db reference_prefix --query reads.fasta --out output.name --outfmt customized_forma --threads 20 --max-target-seqs 10000 --evalue 0.001
diamond blastp --db reference_prefix --query reads.fasta --out output.name --outfmt customized_format --threads 20 --max-target-seqs 10000 --evalue 0.001
customized_format : --outfmt 6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids sscinames