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IGV做基因峰图

IGV做基因峰图

作者: pudding815 | 来源:发表于2023-02-02 16:18 被阅读0次

IGV打开整个bw或者bam文件特别大，从服务器下到本地再拖进去IGV会比较麻烦

使用samtools裁剪该基因制作成小bam文件，再利用IGV可视化

1、使用去除PCR重复的rmdup.bam

2、根据基因所在位置制作（注意chr,这些是与你使用的注释有关的，最好前后各加3-5k）

samtools view -b -h H3K4me3_hcg_0h.rmdup.bam chr7:28376784-28380253 >Zfp36_hcg0h_me3.bam

samtools index Zfp36_hcg0h_me3.bam

3、导入IGV可视化

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