IGV
bam、bw等文件的可视化用IGV或者在线基因组浏览器
所以IGV的作用就是:可视化,类似基因组浏览器!
软件安装
image.png跟其他软件一样,IGV官网有不同版本,如windows、Mac、linux等;根据自己的电脑选择不同版本下载!!!
IGV需要JAVA环境
因此我们需要先安装一个JAVA,因为JAVA不同大版本之间区别较大,就跟python2和python3一样,版本不同,导致不兼容,因此IGV要求安装JAVA8
IGV正常打开
IGV下载后就可以用,
IGV解压后界面不用安装。下载后解压
。
双击igv.bat文件,即可打开IGV。打开IGV时,会调用windows的cmd面板,就是那个黑黑的框出现,这个不要关,表示正在启动,第一次打开会很慢,需要加载信息,同样打开速度也取决于你的电脑配置~
IGV打不开的原因
原因可能有如下,前两种出现的最多。
- 启动后长时间没反应:有的电脑就是启动慢,依据电脑配置或者有时候网速也可能很慢等原因。
- JAVA安装版本错误:JAVA安装版本错误,在IGV下载的windows压缩文件里,有一个readme.txt,里面有下载JAVA的下载网址。下载后必须默认安装在C盘。如果安装错误,会提示错误框。JAVA也分JRE和JDK等
- 电脑配置低:因为你已经打开了很多内容,那么在可用的内存情况下,IGV默认需要使用4g内存,非储存。内存不够的小伙伴,会出现闪现,即打开后闪一下,然后就关了。更改方法:用txt编辑器(我这里用的notepad++)打开igv.bat,这里需要选择打开方式,否则默认就调用JAVA打开。打开后更改4g为2g,保存,一定要保存,然后在正常双击打开即可。
- 32和64bit电脑不同:软件好像用的不同,不过一般出现这个问题特别不多,目前我只听学员说过,我没解决过。
- 尝试自己解决:自己各种尝试解决。或者培训前联系Amy Cui,我会依据你的电脑的情况来查看并解决的!~
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