韩瑗上疏，为褚遂良讼冤曰：“遂良体国忘家，捐身徇物，风霜其操，铁石其心，社稷之旧臣，陛下之贤佐。无闻罪状，斥去朝廷，内外甿黎，咸嗟举措。臣闻晋武弘裕，不贻刘毅之诛；汉祖深仁，无恚周昌之直。而遂良被迁，已经寒暑，违忤陛下，其罚塞焉。伏愿缅鉴无辜，稍宽非罪，俯矜微款，以顺人情。”上谓瑗曰：“遂良之情，朕亦知之。然其悖戾好犯上，故以此责之，卿何言之深也！”对曰：“遂良社稷忠臣，为谗谀所毁。昔微子去而殷国以亡，张华存而纲纪不乱。陛下无故弃逐旧臣，恐非国家之福！”上不纳。瑗以言不用，乞归田里，上不许。
废掉的皇后王氏和淑妃萧氏，一起被囚禁在别院里，高宗曾经因为想念她们，私下行走到囚禁她们的别院，看到房间封闭得很严密，只在墙壁上挖个洞传送食物，高宗心里哀恻悲伤，叫着说：“皇后、淑妃在哪里？”王氏哭泣着回答说：“妾等犯罪，被贬为宫婢，怎么能够再有皇后、淑妃的尊称！”又说：“皇上如果还怀念以往的一段感情，让臣妾等重见日月的话，就请求皇上把这别院命名为回心院吧！”高宗说：“朕马上就有所处置。”武后听了这消息，非常生气，派人把王氏和萧氏各杖打一百，断去手足，丢到大酒瓮里，说：“令二妪骨醉！”几天之后两人死去，又斩碎她们的尸体。王氏起先听到宣布皇上的敕令时，再次拜谢说：“愿皇上万岁！昭仪蒙受恩宠，死是我分内之事。”淑妃骂说：“阿武的妖惑狡猾，居然到如此地步！希望下辈子我变成猫，阿武变成老鼠，生生世世扼住阿武的喉咙。”从此宫里不再养猫。不久又把王氏的姓改为蟒氏，萧氏改为枭氏。武后好几次看到王氏、萧氏的鬼魂作祟，她们披散头发滴着血好像死亡时一样。后来迁居到蓬莱宫，又看见她们的鬼魂，所以武后大都住在洛阳，终身不归长安。
己巳（初三），许敬宗奏报说：“永徽初年，国家的根本还没有产生，暂时引用彗星，使之越升为日、月。现在皇后即位，正统的子孙应该降临，使日月更加光明，而爝火自该熄灭。怎么可以让枝、干相反，好像天庭的日月、彗星地位互易；又像上衣下裳互相颠倒，使得嫡长子不得其位呢？而且父子之间的感情，别人很难理解，将来如果发生冒犯天威的事，一定会遭受严法酷刑。臣的话如果陛下不听，把臣放在鼎俎煎煮蒸染，臣死也甘心。”高宗召见许敬宗，问他奏表的含意，许敬宗回答说：“皇太子是国家的根本，根本还未端正的话，天下人心必然无所归附。而且住在东宫的现任太子，出身本来就很低微，他知道现在国家已有正统的嫡长子，心里必定不会安宁。他窃据太子位而内心又抱着猜疑，可能做出不是宗庙之福的事，希望陛下仔细加以计划。”皇上说：“陈王李忠已经自我让位。”许敬宗回答说：“他能效法周太伯的作为，希望皇上赶快接受。”
西突厥颉苾达度设好几次派遣使者请求朝廷出兵讨伐沙钵罗可汗。
甲戌（初八），派遣丰州都督元礼臣前往册封颉苾达度设为可汗。礼臣到达碎叶城，沙钵罗发动军队抗拒，使得礼臣无法前进。颉苾达度设的部落大多被沙钵罗所吞并，剩下的部众既少又弱，不被其他族姓所归附，礼臣竟然无法册封而回去了。
中书侍郎李义府任参知政事。义府容貌温和恭敬，和人讲话时心情愉悦面带微笑，而实际上却很狡诈、阴险、忌妒、刻薄，所以当时人都说李义府笑里藏刀；又因为他表面温柔而内心狠毒，和猫相同，所以称之为李猫。
唐高宗显庆元年（丙辰，公元656年）正月，辛未（初六），任命皇太子李忠为梁王、梁州刺史；立皇后的儿子代王李弘为皇太子，太子出生四年。李忠被废之后，他的属官都害怕罹罪而逃亡躲藏起来，没有人敢和李忠见面；右庶子李安仁单独地侍候李忠，李忠被任命为梁王、梁州刺史之后，李安仁才哭泣拜别离去。安仁是李纲的孙子。
壬申（初七），赦免天下，改年号为显庆。
二月，辛亥（十七日），赠武士彟司徒之官位，且赐给他爵位周国公。三月，任命度支侍郎杜正伦为黄门侍郎、同三品。
四月，壬子（十八日），矩州人谢无灵举兵反叛，黔州都督李子和讨伐而加以平定。
己未（二十五日），高宗对侍候的大臣说：“朕思考养育百姓的方法，但未能找到要领，诸位为朕说明一下！”来济回答说：“以前齐桓公出游，看见年老而挨饿受冻的人，就命令赐给老人食物，老人说：‘希望赐给全国挨饿的百姓。’桓公又赐老人衣服，老人说：‘希望能赐给全国受冻的百姓。’桓公说：‘寡人的仓廪府库，怎么够用来周济全国挨饿受冻的百姓呢？’老人说：‘只要国君不侵夺农人耕种的时间，那么全国人都有足够的粮食；不侵夺农人养蚕织布的要事，那么全国人都有足够的衣物！’所以国君养育百姓，就在减省征召徭役罢了。现在山东服徭役的壮丁，每年增加数万，役使所有壮丁的话，百姓大为劳苦；收取雇佣的金钱，又使百姓耗费太大。所以臣希望陛下考量公家所需的役丁数目，除所需之外，其余都加以免除不征召。”高宗接受了。
六月，辛亥（十八日），礼官上奏要求停止太祖、世祖的配祀。在圜丘祭祀昊天时，以高祖配祀；在明堂祭祀五帝时，以太宗配祀。高宗接受建议。
七月，乙丑（初三），西洱蛮酋长杨栋附、显和蛮酋长王郎祁，郎、昆、梨、盘四州酋长王伽冲等都率领部众归附朝廷。癸未（二十一日），任命中书令崔敦礼为太子少师、同中书门下三品。
八月，丙申（初四），固安昭公崔敦礼去世。辛丑（初九），葱山道行军总管程知节攻击西突厥，和歌逻、处月两部在榆慕谷作战，大败歌逻、处月，斩杀敌人一千多人。副总管周智度在咽城攻击突骑施、处木昆等部，加以消灭，斩杀敌人三万人。
乙巳（十三日），龟兹王布失毕入京朝拜天子。
李义府因得尊宠而专权用事。洛州妇人淳于氏容貌美好，被拘禁在大理寺监狱里，义府嘱咐大理寺丞毕正义违法开脱淳于氏，准备收纳为妾，大理寺卿段宝玄怀疑而奏报皇上。高宗命令给事中刘仁轨等人加以审察，义府担心事情外泄，逼迫毕正义在监狱中自缢。高宗知道后，原谅义府的罪不加过问。
侍御史涟水人王义方要奏报弹劾李义府，先告诉他母亲说：“义方身为御史，眼看奸臣为恶而不纠正，那就是不忠；但如加以纠正却会有被害的危险，而使母亲忧虑，那是不孝。这二件事自己不能决定怎样做才好，怎么办？”母亲说：“以前王陵的母亲牺牲自己而成就儿子的名声。你能够竭尽忠心事奉国君，我就是死了也不感到遗憾！”王义方就向皇上奏报说：“李义府在皇帝辇驾之旁，擅自杀害六品寺丞；纵使正义是自杀而死，也是害怕义府靠权势杀他灭口才自杀的。这么一来，对臣子生杀的大权，不从皇上颁出，这种情势不能让它慢慢增长，请求皇上再加勘验，以求确当！”于是王义方面对卫仗，喝叱李义府要他退下；李义府观望着不愿退下。王义方喝叱三声，高宗都没有说话，李义府才快步退出，王义方就开始诵读弹劾李义府的奏文。但高宗还是释放李义府不加追问，而反说王义方毁谤侮辱大臣，言语文辞不恭逊，贬为莱州司户。
九月，括州有暴风吹袭，海水涨溢，溺死了四千多家。十一月，丙寅（初六），生羌酋长浪我利波等人率领部众归附，把他们的土地设置为柘州、栱州。
十二月，程知节带兵到鹰娑川，遇到西突厥二万骑兵，其他部落鼠尼施等人也率领两万多的骑兵继续到达，前军总管苏定方率领五百名骑兵前往攻击，西突厥大败，苏定方追逐逃奔的敌兵二十里，杀死俘获的敌兵有一千五百多人，获得的马匹和兵械器物，连绵于整个山野，数也数不清。副大总管王文度嫉妒苏定方的功劳，对程知节说：“现在虽说打败贼人，但官军也有死亡和受伤的，冒险进攻不慎重，可以成功也可能失败，何必急急做这冒险的事！从现在起集结好方形阵势，把辎重车放在阵势之内，遇到敌人才作战，这是最安全的策略。”又假装另外得到圣旨，认为程知节依恃勇力，有轻敌之意，所以委任王文度节度制裁，就收聚部队，不允许深入敌境。士卒整天跨骑马匹，披挂甲衣以练阵势，受不了疲劳困顿，马匹大都因瘦弱而死。苏定方对知节说：“出动军队的目的就是为讨伐贼寇，现在却困守在这里，等着让自己受困乏绝，如果遇到敌人必定败亡；如此懦弱胆怯，又如何建立功勋？而且国君任命程公为大将，怎么可以再让副大总管专擅号令？事情一定不是这样的。请把王文度囚禁起来，以奏表飞快地向国君报告。”程知节不从。
到达恒笃城时，有很多胡人归附。王文度说：“这些人找机会等我们回师时，再回复贼寇面目，不如全部把他们杀了，夺取他们的物资钱财。”苏定方说：“这样一来我们自己变成贼了，还能称为讨伐叛贼吗？”文度还是把归附的胡人杀了，分配胡人的财物，只有苏定方不接受。军队回朝后，王文度因为犯了假造诏命罪而判处死刑，特赦他免除他的名位；程知节也因逗留不进，致使追不到贼寇，减免死罪免掉官职。
这年，任命太常卿驸马都尉高履行为益州长史。
韩瑗呈上奏疏，为褚遂良诉冤说：“遂良忠于朝廷忘了自己，抛弃自己性命为国事牺牲，有风霜一样的凛然节操，铁石一般坚劲的忠心，是社稷的老臣，也是陛下贤明的辅佐。没有听说有什么罪状，就被斥责离开朝廷，使得朝廷内外的臣民，都对这件事表示嗟叹惋惜。臣听说晋武帝心志弘大宽容，不把刘毅杀掉，汉高祖有深厚的仁义，不对周昌的正直愤怒生气。而褚遂良官位被贬，已经过了一年，他违背忤逆陛下旨意，所受的惩罚也够了。臣请求陛下能仔细鉴察他的无辜，稍微宽谅而不要再罪责他，矜怜他对陛下的一片忠诚，以顺应人情。”皇上对韩瑗说：“遂良的心意朕也知道。但他悖逆乖戾，喜欢冒犯长上，所以才贬他官位，以责备他，你何必说得这么严重呢？”韩瑗回答说：“遂良是尽忠社稷的大臣，却被谗佞阿谀的小人所毁谤。以前微子一离开而殷国就灭亡，张华还在而晋的纲纪得以不乱。陛下无缘无故背弃放逐老臣，恐怕不是国家之福！”高宗不接纳请求。乾瑗因为建议不被采用，要求辞官回归乡里，但高宗不允许。
刘洎的儿子为父亲诉冤，说他父亲在贞观末年（十九年），被褚遂良所毁谤致死，李义府又帮助刘洎儿子的诉讼。皇上问左右近臣实际情况，那些近臣奉承义府的心意，所以都说刘洎父亲是冤枉的。只有给事中长安人乐彦玮说：“刘洎是个大臣，国君偶有疾病，怎么就轻易自比成伊尹、霍光？现在要洗雪刘洎的罪，难道说先帝用刑不妥当吗？”高宗赞同乐彦玮的话，就搁止这件事。
唐高宗显庆二年（丁巳，公元657年）正月，癸巳，把哥逻禄部分置成阴山、大漠两个都督府。
闰月，壬寅（十三日），高宗巡行到达洛阳。庚戌（二十一日），任命左屯卫将军苏定方为伊丽道行军总管，率领燕然都护渭南人任雅相、副都护萧嗣业发动回纥等地军队，从北方的道路出发讨伐西突厥沙钵罗可汗。嗣业是萧钜的儿子。起初，右卫大将军阿史那弥射和他的堂兄左屯卫大将军步真，都是西突厥的酋长，在太宗的时代，率领部众来投降；这时候，高宗下诏令任命弥射、步真为流沙安抚大使，在南方道路招集旧有部众。
二月，辛酉（初三），高宗车驾到达洛阳宫。庚午（十二日），任命皇子李显为周王。壬申（十四日），迁徙雍王李素节为郇王。三月，甲辰（十六日），任命潭州都督褚遂良为桂州都督。癸丑（二十五日），任命李义府兼任中书令。五月，丙申（初九），高宗到明德宫避暑。高宗从即位后，每天都处理政事。庚子（十三日），宰相奏报说天下没有事故，请求每隔一日处理政事。皇上答允。七月，丁亥朔（初一），高宗回洛阳宫。
王玄策击败天竺时，俘获方士那罗迩娑婆寐回归朝廷，那罗迩娑婆寐说他有令人长生的方术，太宗很相信他，对他很礼貌恭敬，要他配长生的药物。发动使者到四方去求乞珍奇的药石，又发动使者到婆罗门几个国家去采药。他的言论大都迂阔怪诞不切实际，不过是在拖延时间，长生药最后还是配不成，就放他回天竺。高宗即位后，那罗迩娑婆寐回到长安，高宗又遣他回去。
玄策那时是道王的朋友，辛亥（二十五日），向高宗奏报说：“这个婆罗门实在真能配长生药，他自己诡言一定可以配成，现在让他回去，白白丧失机会，不免遗憾。”玄策退下后，高宗对侍臣说：“从古到今哪有神仙！秦始皇、汉武帝为了寻找神仙，使得百姓疲惫生计凋敝，最后一无所成。如果真有不死的人，这些人现在在哪里？”李勣回答说：“真如圣上所说的一样。这个婆罗门今番再来，容貌头发已经衰老斑白，和以前已经不一样了，怎么能够长生！陛下遣送他回去，朝廷内外都很高兴。”娑婆寐最后死在长安。
许敬宗、李义府奉承皇后的意旨，向高宗奏报，诬陷侍中韩瑗、中书令来济和褚遂良暗中图谋不轨，因为桂州是古今兵家用武必争之地，所以授给褚遂良桂州都督，准备以褚遂良作为外援，进行反叛。八月，丁卯（十一日），韩瑗因罪被贬为振州刺史，来济被贬为台州刺史，终身不再朝拜觐见皇上。又把褚遂良贬为爱州刺史，荣州刺史柳奭被贬为象州刺史。
褚遂良到达爱州，呈上奏章，说：“以前濮王、承乾相争的时候，臣不管死亡的危险，诚心归附陛下。那时岑文本、刘洎奏报说：‘承乾作恶的情况已经明显，被幽禁在别宫，但东宫不能够有短暂的空缺，请求派遣濮王住到东宫。’臣又加以抗辩极力争取，这些都是陛下所亲见。臣和无忌等四个人共同制定国家大计。后来先皇将死之际，只有臣和无忌一同接受先帝的遗命。陛下正在居丧之际，内心非常哀恸，臣劝陛下以社稷为重，使陛下宽心。陛下手抱着臣的头颈，表示感激。臣和无忌处置政事，使朝政没有荒弃废阙的危险，不过几天的时间，就使得朝廷内外安宁平静。臣的力量虽然小但职任很重，所以一有行动就容易犯过错，蝼蚁之躯，残暮之年，乞求陛下怜悯。”表奏上去，皇上不准。
己巳（十三日），礼官奏报：“四郊迎接五行精气，所以保存太微五帝的祭祀；南郊明堂，都祭祀昊天上帝，废弃纬书六天的说法。在方丘除祭祀地祇之外，原在北郊祭祀神州地祇，现在请求合并在方丘一起祭祀。”高宗批准。
辛未（十五日），任命礼部尚书许敬宗为侍中，兼度支尚书杜正伦为兼中书令。
十月，戊戌，高宗巡行到达许州。乙巳，在滍水南方打猎。壬子，到达汜水曲。十二月，乙卯朔（初一），车驾回返洛阳宫。苏定方攻击西突厥沙钵罗可汗，到达金山北面，先攻击处木昆部，把他们打败了。处木昆部的俟斤（突厥大臣之称）懒独禄等人率领一万多帐来投降，定方加以安抚，发动一千骑兵和他们在一起。
右领军郎将薛仁贵上书说：“泥孰部一向不屈服于贺鲁，被贺鲁打败，妻子儿女都被俘虏。现在唐兵中有打败贺鲁各部落，而俘获泥孰妻子的人，就送还给泥孰，仍然加给赏赐，让泥孰能清楚了解贺鲁是贼寇，而大唐是他们的父母，那么他们必定会人人为唐室效死，不加保留。”皇上接受，泥孰很高兴，请求追随唐军共同攻击贺鲁。
苏定方到达曳咥河西边，沙钵罗率领十姓的士兵将近十万，前来抵抗作战。苏定方率领唐兵和回纥一万多人攻击。沙钵罗轻视定方士兵少，径直前进加以包围。定方命令步兵固守南原，把长矛密集排列，锋刃向外，自己率领骑兵在北原布阵。沙钵罗先攻击南原步兵，冲锋三次不能前进，定方率领骑兵加以攻击，沙钵罗大败，定方追击三十里，斩杀俘获好几万人；隔天整顿军队再度进攻。于是胡禄屋等五个弩失毕都率领部众前来投降，沙钵罗单独和处木昆屈律啜率领几百名骑兵向西脱走。那时候阿史那步真从南道出发，五咄陆部落听说沙钵罗被打败，就都向步真投降。苏定方命萧嗣业、回纥婆闰率领胡人军队赶往邪罗斯川，追击沙钵罗，定方和任雅相率领刚刚归附的部众作为后援。正好天下大雪，平地高起二尺，军中士卒都要求等到天晴再出发，苏定方说：“敌人因为雪下得深，以为我们不能前进，一定会让士兵休息，我们急速追击可以追到，如果稍慢一些，敌人逃得更远，不可能再追得上，要能节省时间而功劳加倍的话，就在这时候！”说完就踏着雪，部队不分昼夜兼程赶路。经过的地方都收聚投降的部众，到达双河，和弥射、步真会合，在距离沙钵罗所住二百里的地方，布好阵势，长驱直入，直接到达沙钵罗的牙帐。沙钵罗和徒众正准备要打猎，苏定方乘他不注意，进兵加以攻击，斩杀俘获几万人，并得到战鼓旗帜，沙钵罗和他的儿子咥运、女婿阎啜等人逃脱遁走，前往石国。苏定方于是停止进攻，令各部落都回到各自居住的地方，开通道路，设置驿站，掩埋士卒的骸骨，慰问士卒的疾苦，画定区域，恢复生产事业，凡是被沙钵罗所掠夺的财物全部归还，十姓的胡人照常安居。又命令萧嗣业带兵追击沙钵罗，苏定方带兵回还。
沙钵罗到达石国西北的苏咄城，士卒马匹都已饥饿困乏，派人拿着珍宝进城买马，城主伊沮达官欺骗他，拿着酒食出城迎接他，诱使他入城，然后关闭城门把他抓起来，送到石国。萧嗣业到达石国，石国人把沙钵罗交给他。
乙丑（十一日），把西突厥土地分开设置为濛池、昆陵两个都护府，任命阿史那弥射为左卫大将军、昆陵都护、兴昔亡可汗，统领五咄陆部落；阿史那步真为右卫大将军、濛池都护、继往绝可汗，统领五弩失毕部落。派遣光禄卿卢承庆拿着符节、册书，仍命令弥射、步真和承庆就投降的各姓部落，以部落大小、地位声望高低为准，授给他们刺史以下的官衔。
丁卯（十三日），把洛阳宫作为东都。洛州官吏员数品秩都和雍州相同。
这一年，下诏令：“从现在起，僧尼不能接受父母和地位尊贵的人敬礼跪拜，主管官吏明定法令加以禁止断绝。”
任命吏部侍郎刘祥道为黄门侍郎，仍担任吏部选事。祥道认为：“现在选拔人才的有司录用人才有浮滥之病，每年入九品流内的人超过一千四百，流外官入九品流内的，都不加以铨选简择。现在朝廷内外文武官中一品到九品的，共有一万三千四百六十五名，大略以三十年后为准，一万三千多人大约将要光了（死亡或罢官）。如果每年选拔进入九品流内的有五百人，也足够充任所需要的数目。希望对这方面有所改革。”没多久杜正伦也说录入九品流的人太多。高宗就命令正伦和祥道讨论如何改革，但大臣们害怕改变，这件事就废止不议。祥道是刘林甫的儿子。
唐高宗显庆三年（戊午，公元658年）正月，戊子（初五），长孙无忌等人呈上所修的新礼仪，皇上下令朝廷内外遵照施行。早先有人谈到贞观时期礼节尚未完备，所以才命令无忌等人重修。这时候许敬宗、李义府专擅用事，所以对礼节的增减大多奉承皇上旨意，一般学者多有批评。太常博士萧楚材等人认为预先准备天子去世的凶事，不是身为臣子的人所该说的。许敬宗、李义府深以为是，就把《国恤》一篇烧掉，从此凶礼就废缺下来。
起初，龟兹王布失毕的妻子阿史那氏和他的宰相那利私通，布失毕无力禁止，从此君臣相互猜忌、阻挠，各自拥有徒众、党羽，并且相互到唐朝控告责难对方。高宗把两人都召来，他们来了之后，就囚禁那利，派遣左领军郎将雷文成送布失毕回国，到达龟兹东面边境泥师城时，龟兹的大将羯猎颠发动部众抵抗，又派遣使者向西突厥沙钵罗可汗投降。布失毕据守住城，不敢前进。高宗下令左屯卫大将军杨胄发动军队讨伐。正好布失毕病死，杨胄和羯猎颠作战，大败羯猎颠，擒捉羯猎颠和他的党羽，全部杀掉，在当地设置龟兹都督府。
戊申（二十五日），立布失毕的儿子素稽为龟兹王兼都督。二月，丁巳（初四），高宗从东都出发。甲戌（二十一日），到达京师。
五月，癸未（初二），把安西都护府迁徙到龟兹，把原先的安西又恢复为西州都督府，镇守高昌旧有土地。
六月，营州都督兼东夷都护程名振、右领军中郎将薛仁贵率兵攻打高丽的赤烽镇，攻下了赤烽镇，斩杀敌人首级四百多个，俘虏一百多人。高丽派遣大将豆方娄率领部众三万人对抗，程名振以契丹士兵迎头攻击，大败对方，斩杀敌人首级二千五百个。八月，甲寅（初四），播罗哀獠酋长多胡桑等人率领部众归附朝廷。
十月，庚申（十一日），吐蕃赞普前来朝廷请求通婚。中书令李义府受皇上宠爱，还在怀抱中的小儿子们也都列在显贵中。而义府仍然贪求财物不满足，母、妻和儿子、女婿们出卖官爵和狱讼，门庭像市场一样，树立很多朋党，声势震动朝廷内外。中书令杜正伦常常以先辈自居，而李义府依恃皇上尊宠，对他并不敬服，因此两人有了间隙。两人在皇上面前争执。皇上认为是大臣不和，所以对两人都加以责备。
十一月，乙酉（初六），把杜正伦贬为横州刺史，李义府贬为普州刺史。杜正伦不久就死在横州。
阿史那贺鲁被捉之后，对萧嗣业说：“我本来是该死的俘虏，被先帝所赦，先帝对我很恩厚而我辜负他。今天的失败，是上天生气在惩罚我。我听说中国处死犯人一定在街市上，希望能把我处死在昭陵之前，以向先帝谢罪。”
高宗听了之后很怜悯他。贺鲁到达京师，甲午日（十五日），在昭陵领死。高宗下令赦免他的死刑，把他的种族、部落分成六个都督府，他所附属的各国都设置成州府，向西一直到达波斯，都隶属于安西都护府。贺鲁没多久就死了，埋葬在颉利的坟墓边。
戊戌（十九日），任命许敬宗为中书令，大理寺卿辛茂将为兼侍中。
开府仪同三司鄂忠武公尉迟敬德去世。敬德晚年闲居在家，学习长生的方术，整修园池楼台，奏唱清商歌乐以奉养自己，不和宾客相交往，总共有十六年，年龄有七十四岁，因病而死，朝廷对他的恩待礼遇相当深厚。这一年，爱州刺史褚遂良去世。
雍州司士许祎和来济友善，侍御史张伦和李义府有怨隙，吏部尚书唐临上奏任命许祎为江南道巡察使，张伦为剑南道巡察使。那时候李义府虽然在朝廷外为官，皇后也常常加以保护，因此认为唐临挟带私情选授官职（李义府为普州刺史，为剑南道巡察使所管辖）。
唐高宗显庆四年（己未，公元659年）二月，乙丑（十八日），免除唐临官职。三月，壬午（初五），西突厥兴昔亡可汗和真珠叶护在双河作战，斩杀真珠叶护。
夏，四月，丙辰（初十），任命于志宁为太子太师、同中书门下三品。乙丑（十九日），任命黄门侍郎许圉师参知政事。
武后因为太尉赵公长孙无忌接受贵重赏赐却不帮助自己，内心深深地埋怨。后来讨论废弃王皇后的事，燕公于志宁中立，不为武后讲话，武后也不高兴。许敬宗屡次以利害关系劝说长孙无忌，无忌却常当面给他难堪，所以许敬宗也怨恨无忌。武后即任，无忌内心不安，武后命令许敬宗找机会加以陷害。
正好洛阳人李奉节上告高宗有关太子洗马韦季方、监察御史李巢朋党的事件，高宗下令许敬宗和辛茂将查办。敬宗查办得很紧急，季方刺杀自己，但不死。敬宗就上奏皇上，诬告季方要和无忌陷害忠臣和皇亲国戚，使大权集中在无忌身上，然后找机会反叛，现在事情已被发觉，所以就自杀。
高宗吃惊地说：“怎会有此事？舅舅被小人所离间，和朕稍稍产生些猜疑和间隔是有的，怎么会反叛呢？敬宗说：“臣从始至终推求研究，反叛的情况已经显露，陛下却还怀疑，恐怕不是社稷之福。”高宗哭泣说：“朕家真不幸，亲戚间老是有反叛的心意，前几年高阳公主和房遗爱计划反叛，现在舅舅（指无忌）又要反叛，这些事使得朕无颜见天下人。这件事如果是事实，怎么办呢？”回答说：“遗爱不过是乳臭未干的小孩，和一个女子计谋反叛，势必不可能成功。无忌和先帝一起计划而夺取天下，天下都佩服他的才智；他又做三十年宰相，天下都畏惧他的权势；一旦他的反叛发动，陛下派遣谁去抵挡！现在靠着宗庙里的祖先神灵和皇天对他所作所为的痛恨厌恶，利用查办小事的机会，而发觉叛国的大奸人，实在是天下人的吉庆。臣私下担心无忌知道季方自杀之后，受了困窘心里一急，而发动反叛的计谋，举起衣袖，登高一呼，所有为恶的同党聚集一起，必定会带来宗庙灭亡的忧患。臣以前看过宇文化及父亲宇文述被炀帝所亲近信任，并且和他结了婚姻关系，把朝廷政事托付给他；宇文述去世后，宇文化及又执掌禁卫兵，但他只一个夜晚就在江都作乱反叛，先把不归附自己的杀掉，臣的家庭也遭受灾祸（许敬宗父亲许善心被宇文化及所害），于是大臣苏威、裴矩等人，都高兴地在马前踊跃舞蹈，唯恐来不及响应，天明时就把隋室灭亡。这些事还不久远，希望陛下快点决定怎么做！”皇上命令敬宗更加仔细调查。第二天，敬宗又奏告皇上说：“昨天夜晚季方已经承认和无忌一起造反，臣又问季方说：‘无忌和国君是至亲，好几代都受尊宠信任，有什么怨恨而要反叛呢？’季方回答说：‘韩瑗曾经告诉无忌说：“柳奭、褚遂良劝说您立梁王为太子，现在梁王被废了，皇上也在疑心您，所以把高履行（无忌舅舅的儿子）出放于外为官（益州刺史）。”从此以后，无忌就担心害怕，慢慢地做些自我保全的计划。后来看见长孙祥又被出放为官，韩瑗也得罪朝廷，就日夜和季方等人计划谋反。’臣查验供辞中的情状，都彼此符合，所以请求皇上收捕他依法究办。”高宗又哭泣说：“舅舅果然这样做，朕决不忍心杀之，如果杀了他，天下人会说朕是怎样的国君，后代人也会说朕是怎样的国君呢！”敬宗回答说：“薄昭是汉文帝的舅舅，文帝从代地来汉廷即帝位，薄昭也有功劳，所犯的罪只不过是杀人，文帝就命令百官穿着丧服到他门前痛哭，逼他自杀，到现在天下人还认为文帝是贤明的国君。现在无忌忘记身受两朝的深厚恩典，计划改变社稷，他的罪和薄昭是不能相提并论的。幸亏他犯罪的情况已经发现，叛逆的人自首服法，陛下怀疑什么，还不快点决定！古人说：‘应当决断时不决断，反而会遭受到祸乱。’国家安定或危险的机微，其间已经不容丝发（喻相当迫促）。无忌是现在的奸雄，和王莽、司马懿那一类人相同；陛下如再稍微迟延，臣担心变乱马上在身边发生，那时候再懊悔也来不及了！”皇上认为很对，竟然不质问无忌。
戊辰（二十二日），下诏令削夺无忌太尉的官衔和封邑，改为扬州都督，在黔州安置，按一品官供给俸禄。长孙祥是无忌伯父的儿子，以前由工部尚书出放为荆州长史，所以敬宗以这件事来诬陷长孙无忌。
敬宗又上奏说：“无忌计划叛逆，是由褚遂良、柳奭、韩瑗勾结煽动而成的；柳奭仍然和宫内同党相通，计划下毒，于志宁也结党附和无忌。”于是下诏令削夺遂良的官爵，除去柳奭、韩瑗的官名，免掉于志宁的官职。派遣使者发动沿路军队接送无忌到黔州。无忌的儿子秘书监驸马都尉长孙冲等人都除去官名，流放到岭表。遂良的儿子褚彦甫、褚彦冲流放到爱州，在路上被杀。益州长史高履行接连被贬职为洪州都督。
五月，丙申（二十日），兵部尚书任雅相、度支尚书卢承庆都任参知政事。承庆是卢思道的孙子。
凉州刺史赵持满，有勇力善于射箭，喜欢做任侠的行为，他的姨母是韩瑗的妻子，舅舅驸马都尉长孙铨是无忌的堂弟，长孙铨因为无忌犯罪的关系，也被流放到巂州。许敬宗担心赵持满发难反抗，就诬告他和无忌一起谋反，以驿马召他到京师，捉进监狱，讯问拷打都做了，始终没有作乱的口供，说：“性命可以不要，口供不可以改！”执法的官吏也无可奈何，就替他编造口供以完结他的罪，而向高宗奏报。
戊戌（二十二日），赵持满被杀，暴尸在城西，亲戚没有人敢探视。友人王方翼感叹说：“栾布痛哭彭越，是义的表现；文王埋葬枯骨，是仁的表现。在下位的臣子不失义，在上位的国君不失仁，这不是很好的现象吗！”就收赵持满的尸体加以埋葬。高宗听到了，也不罪责他。王方翼是被废的王皇后的同曾祖兄。长孙铨到了被流放的任所，县令奉承许敬宗的心意把他用杖刑打死。
六月，丁卯（二十二日），下诏令改《氏族志》为《姓氏录》。起初，太宗命令高士廉等人修撰《氏族志》，氏族等级的升降和废弃添加等，大多很妥当。这时候，许敬宗等人认为《氏族志》没有记叙武氏的本族声望，所以上奏高宗请求改正，高宗就命礼部郎中孔志约等按类划分氏族的等级高低，把皇后的族姓作为第一等，其他的全部以在唐朝为官品位的高低为准，共分九等。于是士卒们靠着军功得到五品以上的官位，就可参与士人之流，当时人称之为“勋格”（以功勋高低作为升降的标准）。
许敬宗谋划封禅的礼仪，己巳（二十四日），上奏说：“请求把高祖、太宗一起和昊天上帝配祭，太穆、文德两位皇后和皇地祇配祭。”高宗采纳他的意见。
七月，命御史前往高州追捕长孙恩，前往象州追捕柳奭，前往振州追捕韩瑗，一起套上枷锁送到京师，又命令州县按簿籍所记收录他们家人。长孙恩是无忌的堂弟。
壬寅（二十七日），命令李勣、许敬宗、辛茂将和任雅相、卢承庆等一起再重新调查无忌反叛的事。许敬宗又派遣中书舍人袁公瑜等人前往黔州，再度查问无忌谋反的情形，一到就逼令无忌要他自杀。又下诏令把柳奭、韩瑗在任所斩首。使者在象州把柳奭杀了。韩瑗已经死了，发棺验尸后回京报告。抄没无忌、柳奭、韩瑗三家，把他们的近亲都流放到岭南做奴婢。常州刺史长孙祥因为犯了和无忌通书信的罪，被判处绞刑。长孙恩流放到檀州。
八月，壬子（初八），任命普州刺史李义府兼任吏部尚书、同中书门下三品。义府宠贵之后，自己说是出身于赵郡，和李氏家族叙列行辈；那些想借助他的权势，而拜他为兄、叔的无赖汉有很多。给事中李崇德起先把义府列入同一家谱，后来义府出放为普州刺史，李崇德又把他从家谱里去除掉。义府听到之后，内心衔恨，后来义府又做了宰相，就派人诬陷李崇德的罪状，把他关在监狱里，李崇德自杀。
乙卯（十一日），长孙氏、柳氏因为无忌、柳奭的案件而被贬降位的有十三人。高履行贬为永州刺史。于志宁贬为荣州刺史，于氏被贬的有九人。从此以后，一切政事都归到皇后手上。
九月，下诏令以石、米、史、大安、小安、曹、拔汗那、悒怛、疏勒、硃驹半等国设置一百二十七个州县府。
十月，丙午（初三），举行太子加冠礼，赦免天下。起初，太宗不喜欢山东士人以门阀自夸，婚姻大多要求对方的钱财，所以命令修撰《氏族志》时把山东士人降低一等。而且王妃、公主之夫婿都找有功勋的大臣，不和山东氏族议婚。但魏徵、房玄龄、李勣等家族仍然多和山东士人议婚，常常加以辅助，所以山东士族的声望仍不衰减。山东士族在一姓之中，有时又分第几房第几眷，彼此声望的高下相差很远。李义府为他的儿子向山东士族求婚不成，心里怀恨，所以以先帝的意旨，要求高宗矫其弊。
壬戌（十九日），下诏令要求后魏陇西李宝、太原王琼、荥阳郑温、范阳卢子迁、卢浑、卢辅、清河崔宗伯、崔元孙、前燕博陵崔懿、晋赵郡李楷等的子孙，不可以自己联姻。仍然定下天下士人百姓嫁女儿时接受财物的数目，男方不得接受女家陪嫁财物。可是那些望族受到时尚影响，始终禁止不了，有些人就载着女儿偷送到夫家，或者让女儿年老也不愿嫁人，始终不和其他氏族联姻。那些家道衰微不被望族谱牒所录，及不够格被望族列为高下的宗族，常常冒称是被朝廷禁止自己联姻的望族，而向要求联姻的人要求更多的陪嫁财物。
闰月，戊寅（初五），高宗从京师出发外出，命令太子在朝廷监守。太子很想念皇上，高宗知道后，就以传车召太子前往他停留的所在。
戊戌（二十五日），高宗车驾到达东都。十一月，丙午（初四），任命许圉师为散骑常侍、检校侍中。
戊午（十六日），侍中兼左庶子辛茂将去世。思结俟斤都曼率领疏勒、朱俱波、谒般陀三国反叛，击败于阗。癸亥（二十一日），任命左骁卫大将军苏定方为安抚大使加以讨伐。任命卢承庆为同中书门下三品。右领军中郎将薛仁贵等人和高丽将温沙门在横山作战，打败温沙门。
苏定方的军队到达业叶水，思结保住马头川。苏定方选拔精锐士兵一万人、骑兵三千飞驰前往偷袭，一天一夜行走三百里，隔天天亮就到达城下，都曼吓一跳。两方在城外作战，都曼战败，退守保住城市。到黄昏时，各路军马陆续到达，就包围住都曼，都曼心里害怕而出城投降。唐高宗显庆五年（庚申，公元660年）正月，苏定方在乾阳殿献上俘虏。执法的有司请求把都曼杀掉。定方请求说：“臣答应不杀他，所以都曼才出城投降，愿求放他一命。”高宗说：“朕就不按法令行事以成全你的信用。”于是放了都曼。
甲子（二十三日），高宗离开东都。二月，辛巳（初十），到达并州。三月，丙午（初五），皇后在庙堂上宴请亲戚、故旧和邻里。妇人在后所居内殿，所赐的官秩都有差别。下诏令说：“并州妇人年龄八十岁以上的，都虚授给郡君之位。”
百济依恃高丽的援助，好几次侵扰新罗；新罗王春秋呈上奏表向唐朝求救。辛亥（初十），任命左武卫大将军苏定方为神丘道行军大总管，率领左骁卫将军刘伯英等水陆军十万，以攻伐百济，任命春秋为嵎夷道行军总管，率领新罗的部众，和苏定方等会合。
夏，四月，丙寅（四月无此日），皇上离开并州。癸巳（二十三日），到达东都。五月，建造合璧宫。壬戌（二十二日），皇上到合璧宫。
戊辰（二十八日），任命定襄都督阿史德枢宾、左武候将军延陀梯真、居延州都督李合珠都为冷岍道行军总管，各率领所属部众以讨伐叛逆奚人，又命令尚书右丞崔馀庆总监护三部兵马，奚人不久就派遣使者投降。又任命枢宾等人为沙砖道行军总管，以讨伐契丹，擒捉契丹松漠都督阿卜固送回东都。
甲午（二十五日），高宗车驾回还洛阳宫。房州刺史梁王李忠，年龄慢慢长大，内心非常不安宁，有时甚至私下穿着妇人衣服以防备刺客；又屡次自己占卜吉凶。有人把梁王李忠的事告诉高宗，秋，七月，乙巳（初六），把梁王李忠废为庶人，迁徙到黔州，被囚禁在李承乾原住的房宅。
丁卯（二十八日），度支尚书、同中书门下三品卢承庆犯调派失策的罪而被免官。
八月，吐蕃禄东赞派遣儿子起政率领军队攻击吐谷浑，因为吐谷浑归附朝廷的缘故。
苏定方带兵从成山渡海，百济固守熊津江口加以对抗。定方进军打败百济，百济死亡的有几千人，剩下的都溃败逃走。定方从水陆齐头并进，一直攻向百济都城。还距二十几里时，百济倾动全国军民来作战，定方大败百济，杀死一万多人，追逐奔脱的人，进入城郭。百济王义慈和太子隆逃到北方边境，定方进一步包围都城。义慈的次子泰自己封为王，率领众人固守都城。太子隆的儿子文思说：“王和太子都还在，而叔叔突然拥兵自封为王，假使能够打退唐兵，我们父子也一定会被杀。”就率领亲近的士卒越过都城来投降，百姓都跟随着他来，泰禁止不了。定方命令军士爬到城上插上旗帜，泰很感困窘，只好开城门请求投降。于是义慈、隆和所有城主都投降。百济原有五部，分别统辖三十七郡、二百城、七十六万户，高宗下令把百济设置为熊津等五个都督府（另四个为：马韩、东明、金连、德安），任命他们的酋长为都督、刺史。
壬午（十四日），左武卫大将军郑仁泰率领军队讨伐思结、拔也固、仆骨、同罗四个部落，三次作战都胜利，追逐敌人一百多里，把他们的酋长斩杀才回军。
冬，十月，高宗起先以头部昏眩沉重为苦，眼睛也看不见，官吏奏报政事，高宗有时就让皇后决定。皇后禀性聪明敏捷，又阅读过文史，所以处断政事很能迎合高宗旨意。从此开始把政事委托给皇后处理，皇后的权柄和国君相同了。
十一月，戊戌朔（初一），高宗到达则天门楼，接受百济的俘虏，从百济王义慈以下都加以释放。苏定方前后共消灭三个国家，都生擒他们的国君（谓贺鲁、都曼、义慈）。赦免天下。甲寅（十七日），高宗到达许州。
十二月，辛未（初五），高宗在长社打猎。己卯（十三日），回到东都。壬午（十六日），任命左骁卫大将军契苾何力为浿江道行军大总管，左武卫大将军苏定方为辽东道行军大总管，左骁卫将军刘伯英为平壤道行军大总管，蒲州刺史程名振为镂方道总管，率领部队分头攻击高丽。青州刺史刘仁轨坐镇督导海上运输时，因为船只倾覆失职免官，就以普通人身份从军效力。
春，正月，乙卯（十九日），招募黄河南北、淮河之南六十七州的兵员，得到四万四千多人，到达平壤、镂方的营房。
戊午（二十二日），任命鸿胪卿萧嗣业为扶馀道的行军总管，率领回纥等各部的兵员到达平壤。
二月，乙未晦（三十日），改年号为龙朔。三月，丙申朔（初一），高宗和群臣以及外国人在洛城门举行宴会，观赏军营里新教的歌舞，命名为《一戎大定乐》。那时候高宗要亲自出征高丽，以表示对付敌人动用武力的威势。
起初，苏定方平定百济之后，留下郎将刘仁愿镇守百济府城。又任命左卫中郎将王文度为熊津的都督，安抚百济剩下的群众。文度刚渡过海就死了，百济的和尚道琛、以前的大将福信聚合众人固守周留城，自倭国迎接以前的太子丰，立为王，带领军队在府城把仁愿包围。
高宗下令刘仁轨为检校（即检阅考核之意，正官外之加官，位高于正官）带方州刺史，率领王文度的部众，找便路发动新罗的兵众，以援救仁愿。刘仁轨高兴地说：“老天要让我这老头子富贵了！”仁轨向州司请领《唐历》和宗庙名号带走，说：“我要扫平东夷，把大唐的历法颁布在海外！”仁轨带兵严厉整齐，在各地辗转作战前进，所到的地方都攻下。百济在熊津江口设下两个栅寨，仁轨和新罗军队一起攻击，打败百济，被杀死和溺死的百济士卒有一万多人。道琛就解除府城的包围，后退保护任存城。新罗军队粮食已经用尽，只好带兵返回。
道琛自称领军将军，福信自称霜岑将军，招集徒众，势力更强大。刘仁轨的兵众少，所以和仁愿的军队会合，使士卒暂时休息。高宗下令新罗出动军队，新罗王春秋接受诏令，派遣他的将军金钦率兵援救仁轨等人，到达古泗，福信突袭，金钦被他打败，从葛岭逃回新罗，不敢再出兵。福信不久杀了道琛，独自统领全国军队。
四月，丁卯（初三），高宗到达合璧宫。庚辰（十六日），任命任雅相为浿江道行军总管，契苾何力为辽东道行军总管，苏定方为平壤道行军总管，和萧嗣业以及胡人军队共三十五军，从水陆两路分途前进。高宗要亲自率领大军作为后援。癸巳（二十九日），皇后上表劝止高宗亲征高丽；高宗从之。
六月，癸未日（十九日），把吐火罗、嚈哒、罽宾、波斯等十六个国家，设置为八个都督府、七十六州、一百一十县、一百二十六个军府，都隶属于安西都护府。
七月，甲戌，苏定方在浿江打败高丽，屡次作战都获胜利，遂包围平壤城。九月，癸巳朔（初一），特进新罗王春秋去世；封他的儿子法敏为乐浪郡王、新罗王。
壬子（二十日），迁徙潞王李贤为沛王。李贤听说王勃擅长写文章，召他为修撰。王勃是王通的孙子。当时那些王侯盛行斗鸡，王勃就以游戏笔墨写一篇《檄周王鸡文》。高宗看见这篇文章之后，就生气地说：“这会慢慢地使人互相构陷。”就贬斥王勃离开沛王府。
高丽盖苏文派遣他的儿子男生，率领几万的精兵守住鸭绿水，使得军队无法渡过。契苾何力到达后，正好冰雪凝固，何力带领兵众利用凝冰渡过鸭绿水，击鼓呐喊前进，高丽大败，何力追逐敌人几十里，斩杀敌人头颅三万个，其他的士卒全部投降，只剩男生自己脱险。正好高宗下令回师，何力就率军回来。
十月，丁卯（初五），高宗在陆浑打猎；戊申（初六），又在非山打猎；癸酉（十一日），回宫。
回纥酋长婆闰去世，他的侄儿比粟毒代他统领部众，和同罗、仆固侵犯边境，高宗下令任命左武卫大将军郑仁泰为铁勒道行军大总管，燕然都护刘审礼、左武卫将军薛仁贵为副大总管，鸿胪卿萧嗣业为仙萼道行军总管，右屯卫将军孙仁师为副总管，率领军队讨伐回纥。审礼是刘德威的儿子。
唐高宗龙朔二年（壬戌，公元662年）正月，辛亥（二十一日），封波斯都督卑路斯为波斯王。
二月，甲子（初四），改变百官的名称：把门下省改为东台，中书省为西台，尚书省为中台；侍中为左相，中书令为右相，仆射为匡政，左、右丞相为肃机，尚书为太常伯，侍郎为少常伯；其他的二十四司、御史台、九寺、七监、十六卫，都按官名意义的解释而变改名称，但掌管的职责仍照常。
甲戌（十四日），江道大总管任雅相在军中去世。雅相身为将领，从没有向朝廷奏报他自己的亲戚和以前的部属以随军任职，反而把他们移交给掌管的官吏授给他们官职，他对人说：“官位不分大小，都是国家公有的名位，怎么可以苟且方便自己的私欲呢？”从此军队里的赏罚都很公平，人人都佩服任雅相的公正。
戊寅（十八日），左骁卫将军白州刺史沃沮道总管庞孝泰和高丽在蛇水上作战，结果战败，和他的儿子十三人都战死。苏定方包围平壤很久，却久攻不下，正好天下大雪，只好解除包围而还军。
三月，郑仁泰等人在天山把铁勒打败。铁勒九姓部族听说唐兵就要来到，会合十几万士卒对抗，选拔骁勇健壮的士卒几十个人向唐兵挑战，薛仁贵发射三箭，杀死三个人，其余的都下马请求投降。仁贵全部坑杀。度过沙漠北方，攻击铁勒剩余部众，俘获叶护兄弟三人而回朝。军队中为此歌唱说：“将军发了三箭就平定天山，壮士们高声地唱着歌进入汉关。”
思结、多滥葛等部落先保住天山，听说郑仁泰等人快要到达，都迎接着而投降；仁泰放纵士卒加以攻击，抢掠他们的财物以奖赏士卒。敌虏只好相率远逃，将军杨志派兵追击，但被敌虏所击败。侦候的骑兵告诉仁泰说：“敌人的辎重车就在附近，可以前往取得。”仁泰率领轻便骑兵一万四千人，兼程赶路，越过大沙漠，到达仙萼河，看不到敌虏，粮食用尽只好回头。正好天下大雪，士卒又冷又饿，抛弃甲衣武器，杀马吃，马被吃光，再吃人肉，等到进入边塞，剩余的士卒只剩下八百人。
军队回朝之后，司宪大夫杨德裔弹劾奏报说：“仁泰等人杀死已投降的士卒，使得敌虏逃亡分散，不安抚士卒，也没计算清楚粮食物资，使得尸骸遮蔽原野，抛弃甲衣武器，助长敌人力量。从圣明的朝廷开创以来到现在，从没有像今天遭受到这样的沮丧挫败。仁贵在他监临的职位上，贪淫放纵自己，虽然矜夸自己所得功劳，但实际上却弥补不了损失。请求把他们一起加以推问而科处应得之罪。”高宗下令以功劳偿赎他们所犯的罪，把他们都释放。
任命右骁卫大将军契苾何力为铁勒道安抚使，左卫将军姜恪为副，以安抚招集剩下的部众。何力挑选精良的骑兵五百人，飞驰进入九姓当中，敌虏大为惊恐，何力就对他们说：“朝廷知道你们都是受胁迫才反抗的，所以要赦免你们的罪，一切的罪都在酋长一人，只要捉到酋长，一切事情都可解决。”各部落非常高兴，一起把叶护和设、特勒等二百多人捉起来交给何力，何力数说他们的罪过而杀了他们，九姓从此就安定下来。
甲午（初五），高宗车驾从东都出发。辛亥（二十二日），到达蒲州。四月，庚申朔（初一），到达京师。辛巳（二十二日），建筑蓬莱宫。五月，丙申（初八），任命许圉师为左相。六月，乙丑（初七），首次命令和尚、尼姑、道士、女官要孝敬父母。七月，戊子朔（初一），赦免天下。
丁巳（三十日），熊津都督刘仁愿、带方州刺史刘仁轨在熊津之东大败百济，攻下真岘城。
起初，仁愿、仁轨等人屯驻在熊津城，高宗给他敕书，认为“平壤的军队已经回返，只剩熊津一城，不可能单独保全，应该拔动军队前往新罗。如果金法敏借重你，要你留下镇守，你就停留在新罗。如果不须留下，就泛海回朝吧！”将士们也都要向西回归朝廷。
仁轨说：“人臣为公家的利益而牺牲，只有为国而死没有二心，怎么可以先想到个人的私欲？主上要消灭高丽，所以先诛灭百济，并且留下部队守御，控制住心腹要地；虽然剩下的敌寇到处充斥而且守备森严，只要我们磨好武器，喂饱马匹，做好准备，乘他们不注意的时候攻击，按理说没有攻不下的。等到打胜之后，士卒心理就很安定，然后再分散军队，固守住险要地区，把有利的形势先设置好，再以快表向陛下报告，再请求多派部队前来。朝廷知道我们有了成就，一定会命令将军出动军队，只要援军一到，凶恶的敌人自然就被歼。这样做不只不放弃成功的机会，而且可使海外的反抗永远消除。现在平壤的军队既然回还，熊津的部队又要离开，那么百济反抗的余力，就好像剩余的火烬，没有几天就会再度燃烧兴起，而高丽那些逃亡的敌寇，什么时候才能消灭呢？况且现在因为熊津一城位于敌人的中央，如果有所行动，马上就会被擒捉俘虏，纵使进入新罗，也是羁旅之客，万一发生不如意的事情，再懊悔也来不及了。加上福信凶恶悖理、残酷暴虐，君臣互相猜疑叛离，互相屠杀；所以我们正好可以坚守城池，等待变化，利用便利机会攻取对方，还是以不离熊津城较好。”众人都接受。
当时百济王丰与福信等人以为仁愿等人固守孤单的城池没有后援，就派遣使者对他们说：“大使们什么时候要回西方的朝廷，我们会派人送别你们。”仁愿、仁轨知道对方没有防备，就突然出兵攻击，攻下百济的支罗城和尹城、大山、沙井等栅寨，杀死俘获的敌人很多，然后分散兵力加以固守。福信等人认为真岘城形势困险，加派军队防卫。仁轨等待他们稍稍松懈时，引导新罗的士卒在夜晚靠近城下，攀着墙边草木，爬上城墙，等到天一亮，就入城而占领真岘城，打通新罗输运粮食的道路。仁愿又向朝廷奏请加派军队。高宗下令征召淄、青、莱、海等地的士兵七千人前往熊津。
福信专权独断，和百济王丰慢慢地引起猜忌。福信借口生病，卧在房里，要等待百济王丰问候他的病情时杀了百济王。百济王丰知道后，率领亲信袭击，杀了福信，派遣使者到高丽、倭国乞求军队，以抵抗唐兵。
八月，壬寅（十六日），唐朝任命许敬宗为太子少师、同东西台三品、知西台事。九月，戊寅（二十二日），唐朝开始让八品、九品官员穿浅蓝色衣服。
冬季十月，丁酉（十一日），唐高宗到骊山温泉，由太子监理国事；丁未（二十一日），回宫。庚戌（二十四日），西台侍郎陕人上官仪同东西台三品。
癸丑（二十七日），唐高宗下诏令：定于龙朔四年正月封泰山，并于明年二月前往东都洛阳。左相许圉师的儿子奉辇直长许自然，游猎时损坏他人田里的作物，田主恼怒，许自然用响箭射田主。许圉师将许自然打一百棍子，而没有上报。田主到司宪衙门起诉，司宪大夫杨德裔不作处理，西台舍人袁公瑜派人改名换姓给唐高宗上密封奏折告发此事。唐高宗说：“许圉师身为宰相，欺负百姓，隐瞒不报，岂不是滥用权势，横行霸道！”许圉师道歉说：“臣位居朝廷机要部门，以正直之道侍奉陛下，不能全合众人心意，所以受到别人的攻击。至于滥用权势，横行霸道，或手握强兵，或身居军事重镇才有可能；臣作为一名文官，侍奉圣明君主，只知道闭门自守，哪里敢滥用权势，横行霸道！”唐高宗大怒，说：“你怨恨没有领兵吗？”许敬宗说：“作臣下的竟敢如此，处死也不足以抵罪。”唐高宗命令立即将他领出去，又下诏免去他的官职。癸酉，唐朝立皇子李旭轮为殷王。
十二月，戊申（二十三日），唐高宗下诏说，因正讨伐高丽、百济，河北百姓为征役所劳苦，原定封泰山、去东都洛阳的事都停止进行。
海道总管苏海政接受诏命讨伐龟兹，唐高宗命令兴昔亡、继往绝二可汗发兵与苏海政一同前去。唐兵前进到兴昔亡境内，继往绝因一贯与兴昔亡有仇怨，于是秘密对苏海政说：“阿史那弥射要谋反，请杀掉他。”当时苏海政只有数千兵士，集合军官商议说：“阿史那弥射如果反叛，我们谁也活不成，不如先把他杀掉。”于是便假称奉皇帝命令，让大总管带帛数万段赏赐给可汗和诸位酋长，兴昔亡率领他的部下前来受赏，苏海政乘机将他们全部抓住并斩首。其中鼠尼施、拔塞干两部逃走，苏海政和继往绝率兵追击将他们讨平。唐军返回途中，到疏勒南，弓月部又引吐蕃兵前来，想与唐兵交战；苏海政因军队已经疲劳，不敢应战，便以军用物资贿赂吐蕃军，讲和后返回。从此，各部落都认为兴昔亡受冤屈，各怀离心。继往绝不久去世，西突厥十姓无首领，由阿史那都支及李遮匐收集西突厥余众附属于吐蕃。
本年，西突厥侵扰唐朝庭州，庭州刺史来济领兵抵抗，对部下说：“我曾经触犯刑律，蒙恩赦免死罪，现在应当以身赎罪。”于是来济不解下铠甲头盔，率军出击，力战阵亡，时年五十三，追赠楚州刺史，供给灵车送回家乡。
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