RSeQC使用

官网：http://rseqc.sourceforge.net/

ref1：RSeQC使用笔记 – 生信笔记

ref2：RSeQC对 RNA-seq数据质控 | 生信菜鸟团

1.geneBody_coverage.py

geneBody_coverage.py -r hg19.bed12 -i SRR3589956.bam -o output

2.read_distribution.py 查看统计read分布在基因组上的区域数目，比如CDS exon, 5’UTR exon, 3’ UTR exon, Intron, Intergenic regions这些区域：

read_distribution.py -i SRR3589956.bam -r hg19.bed12

3.read_quality.py 这个用于查看bam/sam文件中reads的测序质量，展示的图片跟fastq那种差不多：

read_quality.py -i SRR3589956.bam -o output

4.bam2wig.py 用于将bam转化为wig/bigWig格式，但是这个格式本来就是UCSC定义的，因此UCSC也有转化工具，注意的是：使用这个命令前需要将bam文件进行排序然后建索引：

samtools -@ 5 SRR3589956.bam SRR3589956.sorted.bam

samtools index SRR3589956.sorted.bam

bam2wig.py -s hg19.chrom.sizes -i SRR3589956.sorted.bam -o out -u