今天在使用 RseQC 时需要将参考基因组 GTF 文件转换为 bed12 文件，下面是记录下来的方法：
用到的工具
UCSC 的 gtfToGenePred 和 genePredToBed 工具，下载安装：
wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gtfToGenePred
wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/genePredToBed
chmod u+x gtfToGenePred genePredToBed
方法
gtfToGenePred genes.gtf genes.genePred
genePredToBed genes.genePred genes.bed
结束，撒花~
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gff2gtf gffread my.gff3 -T -o my.gtf gtf2gff gffread merg...
做可变剪切stringtie合并gtf的时候报错'''find . -name .sorted.bam.gtf >...
用gffread进行转换 1.gff格式转gtf 2.gtf转gff
1. 对gtf文件进行处理： cat GSE52313_transcripts.gtf | grep "gene_...
# 下载gtf：选择的是ensembl的GRCh38.94.gtf： 下载地址：ftp://ftp.ensembl...
使用gffread #gff2gtfgffread my.gff3 -T -o my.gtf#gtf2gffgff...
本文标题：技能——gtf转为bed12
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/vrewcrtx.html
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