技能——gtf转为bed12

今天在使用 RseQC 时需要将参考基因组 GTF 文件转换为 bed12 文件，下面是记录下来的方法：

用到的工具

UCSC 的 gtfToGenePred 和 genePredToBed 工具，下载安装：

wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gtfToGenePred
wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/genePredToBed
chmod u+x gtfToGenePred genePredToBed

方法

gtfToGenePred genes.gtf genes.genePred
genePredToBed genes.genePred genes.bed

结束，撒花~