参考方法步骤：徐州更GitHub
以《RNA sequencing reveals the complex regulatory network in the maize kernel》为例。
文章中转录组原始数据编号 SRP026161。
- 在NCBI的sra目录里搜索SRP026161。
- 点击右上角的send to.
- 选择file runinfo,点击create file。保存到本地，这样就创建了搜索结果的CSV文件。
点击send to
选中file runinfo后点击create file
- 下载数据。
cat srcinfo.csv | cut -d , -f 10 > srclink
cut -d 后面是指定分隔符为逗号，找到第10个分隔符里的内容，输出到srclink文档。
cd sra
wget -i ../srclink
进入sra目录下载srclink的所有链接数据。（此处sra和srclink是同级目录）
- 由于测序数据太大，下载速度实在太慢，安装aspera加快速度。
#下载linux版本的aspera cli.
wget https://download.asperasoft.com/download/sw/cli/3.9.1/ibm-aspera-cli-3.9.1.1401.be67d47-linux-64-release.sh
#md5sum 查看文件的md5值，核对文件一致性。对于下载的文件，这是一个好的习惯。
md5sum ibm-aspera-cli-3.9.1.1401.be67d47-linux-64-release.sh
mv ibm-aspera-cli-3.9.1.1401.be67d47-linux-64-release.sh aspera.sh
bash aspera.sh
#添加path ，我的习惯是添加到~/.bash_profile，但是需要重启终端才能使用。根据自己的实际情况修改路径。最新版的会告诉你添加路径的代码。
vim ~/.bash_profile
export PATH=~/disk/soft/aspera/.aspera/cli/bin:$PATH
- 从NCBI上找到SRR的FTP下载地址
原始来源
ascp -T -l 200M -i -k 1 /home/chai/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR912/SRR912045/SRR912045.sra ./
NCBI中，SRR数据的FTP目录前面完全相同，SRR912/代表SRR912开头的所有数据目录，SRR912045/代表SRR912045数据的目录，SRR912045.sra即是最终地址。同理SRR912646的完整地址是ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR912/SRR912646/SRR912646.sra - aspera的使用
需要注意几点：(chaim为我的服务器用户名目录应切换为自己对应的用户名)
- 我们实验室的服务器需要登录校园网，故先用lynx登录后，用ping保持着后台一直有网络连接，不然会断网。
- 服务器端可能需要重新配置path
PATH=$PATH:/home/chaim/.aspera/connect/bin - sraid.txt 为本目录里的一个TXT文件，存放的是所有要下载的sra的编号，格式为
/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR912/SRR912538/SRR912538.sra
/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR912/SRR912638/SRR912638.sra`
完成上述配置之后，运行下面命令，即可在后台持续下载了。
nohup ascp -i /home/chaim/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-list sraid.txt ./ &
说明：
需要时刻注意自己的用户名，不要用我的用户名。
nohup task &
其中task 表示你要执行的任务，用此命令可以使task任务持续在服务器后台运行。远程连接可以退出而不会影响远程主机的任务。
当你退出登录时请使用logout,非正常退出可能会导致nohup的命令异常停止。
最近测试发现，可能会造成nohup进程结束。所以使用logout靠谱。exit退出
可能会出现各种错误 除了按照上述操作仍然出错，比如什么UDP错误SSL错误
可能的解决办法：重新开启一个终端，进去后重新配置该软件的环境变量，之后再严格按照该命令运行。 //至少我是这样解决的。
最近又自己把命令写进shell脚本，这样就不用每次自己输入好长的命令，毕竟国内环境问题，下载会经常莫名其妙断掉。目前没想到好的办法监控程序断掉后，自动重新连接。
- 使用sratool将SRA转换成fastq.
安装sratool
wget
http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz
tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
sratool的使用
进入sratool解压的目录，更改解压后的文件明为sra
我的目录位置是
/home/chaim/disk/soft/sra/bin/fastq-dump --split-3 SRR910783.sra
批量解压缩
[shell]
for i in *sra
do
echoi
done
[/shell]
友情提示：解压缩速度特别慢，比较耗费cpu资源。
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