GWAS流程

1. 重新构建遗传图谱

2. 基因型插补——impute2

3. 质量控制

• QCTOOL V2 http://www.well.ox.ac.uk/~gav/qctool_v2/

./qctool -g GWAS.gen -snp-stats

• 数据转换
  GTOOL

4. 连锁不平衡

plink

--indep-pairwise 50 5 0.2 (windows, step, r2) –maf 0.05

-主成分分析

5. 群体结构

structure
LocusZoom Standalone

6.构建本地的SQLite数据库

dbmeister.py --db my_database.db --snp_pos my_snp_pos_file

使用gff3ToGenePred转换Gff3到pred格式
gff3ToGenepred
ucsc 目录