2020-02-17 GWAS进阶备选学习资料（GWAS tut

GWAS进阶备选

0 原理

啊，全基因组关联分析（GWAS）的计算原理，了解一下？

1 分析流程

GWAS分析基本流程及分析思路

2 数据处理

2.1 数据质量过滤

GWAS基因芯片数据预处理：质量控制（quality control）

2.2 正负链翻转（stand flip）

数据合并，踩不完的坑

2.3 基因型数据填补（imputation）

soga，网页版的基因型填充可以这么做（genotype imputation）

2.4 群体分层校正

GWAS群体分层 (Population stratification)：利用plink对基因型进行PCA

EIGENSTRAT除了用来计算PCA，还可以干嘛

群体遗传分析分层校正，该选用多少个PCA?

3 关联分析

GWAS: 曼哈顿图，QQ plot 图，膨胀系数（ manhattan、Genomic Inflation Factor）

4 meta分析

只用一行命令，就可以学会全基因组关联分析(GWAS)的meta分析

5 条件分析

GWAS条件分析（conditional analysis）：作用，步骤，结果解读

6 基因多效性

啊啊救救我，为何我的QQ图那么飘（全基因组关联分析）

7 GWAS后续分析

SNP在世界地图上的频率分布

GWAS：拒绝假阳性之case和control数量比例严重失衡的解决方案（SAIGE模型的应用）

GWAS后续分析：LocusZoom图的绘制

利用GCTA工具计算复杂性状/特征（Complex Trait）的遗传相关性（genetic correlation）

GWAS系列分析：多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算

有相关性就有因果关系吗，教你玩转孟德尔随机化分析

LD SCore计算基因多效性、遗传度、遗传相关性

查询、下载GWAS目录数据的R包(gwasrapidd)

DEPICT实现基因优化、gene set富集分析、组织富集分析（tissue enrichment）

SNP功能注释网站合集

8 相关文献阅读

常见变异影响常见疾病，罕见变异影响罕见疾病？

什么！GWAS研究中case和control的比例是有讲究的？

阿尔兹海默症和代谢指标在大规模全基因组数据的遗传共享研究

GWAS文献解读：The stability of educational achievement

全基因组关联分析（GWAS）扫不出信号怎么办（文献解读）

补充

GWAS其他教程：

www.transplantdb.eu/sites/transplantdb.eu/files/HandsOnTutorialtoGWAS_Seren-030715.pdf

https://doc.goldenhelix.com/SVS/tutorials/snp_gwas/index.html

ccbb.jnu.ac.in/IUBDDJan2015/workshop_files/GWAS Tutorial.pdf

https://www.r-project.org/conferences/useR-2009/slides/Zhao+Tan.pdf

users.du.se/~lrn/NOVAComputerExercises/NOVA_GenABEL_tutorial.pdf

http://gsea4gwas-v2.psych.ac.cn/docs/tutorial.jsp

www.montefiore.ulg.ac.be/~kvansteen/GeneticEpi-UA2/Class5/Introduction to GenABEL.pdf

看看文献，加深对GWAS的理解：

A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality control and statistical analysis

Genome-wide association studies and beyond

Genome-wide association studies

参考资料来自：
简书作者：橙子牛奶糖
链接：https://www.jianshu.com/p/926bef62929d