本文选自AGING，喜欢的也别下载阅读了。就是一个字，特没劲。
兄弟们，我又来整活了。介绍一个单基因研究的生信分析。
PRPF3这个玩意儿在多种肿瘤中的作用不言而喻，那么在肝癌中呢，作者进行了系列的生信挖掘。
前mRNA处理因子3（PRPF3）是外显子结合复合物核心成分中的RNA结合蛋白。PRPF3的异常表达可能与肿瘤的发生有关。然而，PRPF3在肝细胞癌（HCC）中的生物学作用尚待确定。我们通过多基因表达数据库分析PRPF3的表达，并用cBioPortal鉴定其遗传变异和功能网络。用LinkedOmics鉴定了与PRPF3及其调控因子共表达的基因。利用肿瘤免疫估算资源（TIMER）研究PRPF3与肿瘤免疫浸润的关系。在多个肝癌队列中，PRPF3随肿瘤组织的扩增而上调。高PRPF3表达与较低的总生存率（OS）和无病生存率（DFS）相关。功能网络分析表明PRPF3通过多种与癌症相关的激酶和E2F家族的途径调控剪接体、DNA复制和细胞周期信号。值得注意的是，PRPF3的表达与CD4+T和CD8+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞的浸润水平呈正相关。PRPF3在HCC中的表达与多种免疫标记集有很强的相关性。提示PRPF3与肝癌的预后和免疫浸润有关，为进一步研究PRPF3在肝癌中的免疫调节作用奠定了基础。
首先作者看了看在不同数据库中这个蛋白的表达情况。这个蛋白在癌中表达呈升高趋势。
进一步在TCGA数据库中看了看在年龄、分期、性别等分组中的表达情况。这个蛋白和分期相关。
然后，作者分别用TCGA和GEO 数据进行验证这个蛋白与总生存和无病生存的关系，发现这个蛋白与预后相关。
进一步，作者在TCGA数据库中又通过LinkedOmics网站看了看共表达的蛋白。分别找了50个 正相关和负相关的蛋白构建了一个共表达网络。进行GO和KEGG分析。
为了进一步探讨PRPF3在肝癌中的调控作用，作者分析了PRPF3共表达基因的激酶、miRNAs和转录因子（TF）的表达。前5位最重要的激酶主要与细胞周期蛋白依赖激酶1（CDK1）、polo样激酶1（PLK1）、极光激酶B（AURKB）、检查点激酶1（CHEK1）和细胞周期依赖激酶2（CDK2）相关。事实上，所有这些激酶基因，除了CDK2，都在肿瘤组织中显著高表达。此外，所有这些激酶基因与HCC的OS显著相关。GSEA对PRPF3共表达基因没有显著的miRNA富集。转录因子的富集主要与E2F转录因子家族有关。
作者进一步用cBioPortal tool看看这个蛋白基因改变情况。发现扩增(AMP)是HCC中最常见的PRPF3型CNV。
然后作者又看了和这个蛋白- AMP co-occurance的基因，进行GO 和PPI网络构建。然后找HUB基因，发现了三个HUB基因。基于RegNetwork知识库构建了PRPF3共现基因的TF-miRNA共调节相互作用。无论是肝脏特异性PPI网络还是TFmiRNA共调节网络，功能注释提示PRPF3 AMP参与免疫反应和炎症反应。
然后，作者在TIMER数据库进行分析肿瘤与免疫浸润的关系。PRPF3的表达与肿瘤纯度有显著相关性（r=0.223，p=2.90E-05），与显性免疫细胞浸润水平有显著相关性（图7A）。尤其是，PRPF3CNV与CD8+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞的浸润水平有显著相关性（图7B）。此外，多变量危险模型被用来评估在不同免疫细胞存在下PRPF3表达的影响。PRPF3在OS上的风险是前者的1.57倍（p<0.001），在DFS上的风险是后者的1.36倍。最后又作了一堆免疫相关的东西，都是分析，看不懂，算了。
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