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clusterprofier提取子集可视化

clusterprofier提取子集可视化

作者: 可能性之兽 | 来源:发表于2023-03-15 10:44 被阅读0次

    想偷个懒,不想自己用ggplot生成,想直接用dotplot可视化自己选择的一些通路,如果直接进行提取的话可能会有问题,生成的是dataframe,dataframe不能直接被用于enrichplot的dotplot,因此需要new一下继承

    class(my_object)
    [1] "enrichResult"
    attr(,"package")
    [1] "DOSE"
    
    R3fu=read.csv("R3fu.csv") ## 里面有自己在excelx选择的通路
    selected_pathways <- my_object[my_object$Description %in% R3fu$Description,]
    enriched_result <- new("enrichResult", result = selected_pathways)
    dotplot(enriched_result)
    

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