idba_ud-序列拼接组装（2018-05-24）

拼接的思路大体可以分为两种：一种叫做Overgap,一种是debrujin,前者是根据两条read序列前后部分的重叠来拼接，适用于一代测序的结果，而后者是将reads切割成更小的片段k-mers，k-mers的组合来完成拼接工作，适用于二代高通量测序

现在可以用的软件非常之多，比如说:clc(收费的)，SOAPdenovo,velet等等。

使用idba_ud软件进行拼接，

首先准备好经过trimmomatic去接头和低质量序列的reads，双端和单端都可以。

idba_ud(http://i.cs.hku.hk/~alse/hkubrg/projects/idba_ud/)是一个可以针对不同测序深度的短reads的基于交互式De Bruijin作图的从头拼接软件。他从小的k-mer开始到大的的k-mer步步前进，设定阈值，短的和低深度的contigs被删掉，这样来完成低深度和高深度的拼接。

命令参数

Comment

IDBA接受fasta格式的reads. Fastq格式可以通过fq2fa程序被转化为fasta文件

$ bin/fq2fa read.fq read.fa

IDBA-SC需要将paired-end reads存在一个FastA文件中，一对reads保存在两行，如果不是，可以用fq2fa来合并两个FastQ为一个。

$ bin/fq2fa --merge --filter read_1.fq read_2.fq read.fa（使用这条命令。将两个fq文件合并成一个fa文件）

or convert a FastQ read file to FastA file.

$ bin/fq2fa --paired --filter read.fq read.fa

最后输入如下命令即可：

idba_ud -r total.read.fa --maxk 90 --step 10 -o output_dir1--num_threads 4 --min_contig 200

--mask 设定kmer，此处选定最大值90。

我的序列500Mb，大概10几分钟就出结果了。

参考：

一位大牛：http://118.31.76.100:100/ngs/bin/idba-ud/