写在前面
TBtools 开发至今,也有 8 年了。不时,还是有很多人明面上或者心底里认为 TBtools 就是一个打包其他软件的程序。但事实上,300个功能,其中可能只有 20 个(10%不到的)功能调用了外部二进制程序,更不说这些二进制程序绝大多数也是专门编译成不同平台兼容的,尤其是 windows 下。很多人不会看到这些工作为多少科研工作带来多少便利。除此之外,只要愿意花点时间看看,那就会发现,TBtools 之所以有朋友愿意使用,喜欢使用,主要原因在于 TBtools 从零实现的各类功能。最简单的,那就 序列提取?GFF3 序列提取?热图?Circos图?我们就说热图好了,其中多少特性只有 TBtools 有。再找找,能有类似特性不是Copy TBtools Idea 的吗?我愿意接受,「TBtools整合了大量生物数据分析功能」,但我并不太乐意接受「TBtools整合了大量生物软件或者工具」。因为前者和后者,根本不是一个层次。更不谈,TBtoos里面还有我对计算机绘图的理解和实现 - JIGplot。
当然,我早已习惯。遇到不理解你的,笑一笑也就过去了。但是,「你们不就一直说TBtools就只是一个打包其他软件的工具」吗?那行。既然大家都喜欢说他是一个打包其他软件的工具,我就做一个「让所有人都能打包其他软件成新工具」的工具。是的,有了这个「做工具的工具」,那就所有人都能做打包其他软件的工具。同时,我给他取了一个有趣的名字「CLI Program Wrapper Creator」。既然你们要说TBtools是一个打包其他软件的工具,我就让所有人都有能力来让 TBtools 成为一个真正能打包其他软件的工具。
安装「CLI Program Wrapper Creator」
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注意更新到 TBtools v1.099 或更高版本
在插件商店,找到对应插件,点击 Install 即可
使用 「CLI Program Wrapper Creator」
安装完成后,可以直接在 Plugin 菜单下找到插件,随后点击打开
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打开插件后,可以发现左右两边是不同面板,左边即为你设计界面的预览效果,右边即为编辑区域。
比如,我们现在有一个命令行程序可以使用,查看程序主目录
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blat 类似 BLAST ,不过在不少时候,使用体验比 BLAST 更好。很多时候,我们会使用 blat 来定位某个 dna片段或mRNA甚至RNA序列(AUCG组成) 在基因组上的位置。大体命令,参考 blat 的help
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大体是
blat database query -t=DbType -q=QueryType output.file.psl
参考这个命令,我们就可以在开始创作自己的工具。
首先是设置待打包的软件程序 以及 对应的依赖文件夹(对应文件或文件夹会被一并打包)
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随后可以开始设置界面
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摁一下回车文本框或者点击 Refresh 即可看到效果。

对应的,我们会看到 Command 文本框处,自动生成了相关命令「blat.exe [1]」。
类似的,我们可以把剩下的都设置了
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逻辑上,操作过程中,你还会发现有不少人性化设计,左侧会显示那些地方是空缺的。自然的。其实你可以让元件跨行显示,如下

设置好了,我们可以直接测试插件是否可以使用。注意,在设计界面的插件完全等价于成品,是直接可以使用,不是一个纯粹的界面
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此时,我们已经完成了一个插件的设计。前后只花了几分钟。
至此,可以直接导出插件。


使用你自己创作的插件
跟其他所有插件一样,直接「Install Plugin」即可安装
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安装完后才能后,跟其他 TBtools 功能一样使用即可
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当然,你还可以直接分享你创作的插件给你的朋友,他们也因为你的创作,可以更高效的完成生物数据分析工作。
此外
注意到界面上,有 「Load Config」和 「Save Config」选项,主要作用即导出当前设计状态,和 导入以前的设计功能。这两个选项,可以让你的设计可以随时重新优化。比如增加参数,调整界面等等。或者,你也可以和你的朋友一起优化。
写在最后
既然,他们要说我们如何,那我们就如何如何,看他们这下还能如何?
当然,「理解常常是难能可会,而不理解往往是常态」。我们做好自己,力所能及,帮到其他人,或许就可以了。管那么多干什么?
最后,欢迎所有人一起来创作自己的插件,为更多有生物数据分析但困于操作的朋友提供便利。
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