读文献有感 2024-11-03

作者: 找兔子的小萝卜 | 来源:发表于2024-11-02 14:55 被阅读0次

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今天读到一篇文章，Science，题目为《Vitamin D regulates microbiome-dependent cancer immunity》，里面的一个图片引起了我强烈的兴趣。

image.png
分别使用TCGA和GTEX数据库中三个肿瘤的测序数据分析VitD-VDR gene signal的活性。
第一个问题：VitD-VDR gene signal，里面的gene。他们的文章补充数据有，分别是人的细胞用活性VD体外处理后的chip结果。我怀疑就是2013年那篇Cell的文章中的数据。
Gene set确定好后，就是在病人之中定义VitD-VDR的活性，分为low，medium and High。
《利用AUC值表征基因集在细胞中的活跃程度》
把病人看作细胞，利用之前有人分享过的代码完成定义。
利用AUC值表征基因集在细胞中的活跃程度 - 简书。
随后利用前人发现的方法做森林图
单基因TCGA的Cox森林图怎么画才好看 - 简书
还有这个
基因表达量高低分组的cox和连续变量cox回归计算的HR值差异太大? - 知乎
单因素、多因素COX回归分析在R中的实现与常见问题解答 - 简书

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