OmicStudio-热图 | 在线，免费，即时出图，多功能，带数据处理，可下载PPT：
https://www.omicstudio.cn/tool/4
本教程将会讨论如下话题：
【需要什么样的输入文件？】
1.下载示例数据
2.输入文件格式
【如何处理热图数据？】
1.log计算
2.中心化
3.标准化
4.特别注意
【如何使用输入数据原始值做热图？】
【如何调整配色方案？】
1.经典搭配
2.深-浅-深
3.由深到浅
【如何做出黑白两色的热图？】
【如何处理聚类，并根据聚类结果调整数据以重新绘制？】
1.选择聚类的对象
2.聚类方法
【如何查看作图数据？】
1.在图上显示数字
2.下载绘图表格
【基因太多导致名字重叠，怎么办？】
1.取消显示基因名
2.增加图片高度
【如何对齐两张热图，以便拼接？】
【如何使图例数字范围对称？】
1.中心化
2.调整图例极值
3.区别
【如何仅对一个样本数据做热图？】
【如何恢复全局的默认值？】
【更多资料】
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需要什么样的输入文件？
1.下载示例数据
默认显示的文件名是默认图片的输入数据，可以点击“示例文件下载”查看。上传的文件必须是xlsx格式，否则会报错。
2.输入文件格式
文件内容如图所示，必须有行名和列名，且不能重名。填写的名字直接作为图片上显示的名字，数据可以是经过处理可直接作图的，也可以是未经处理的；未经处理的数据可使用“绘图前数据处理”功能进行处理，参见【如何处理热图数据？】。
如何处理热图数据？
本工具提供三种数据处理方案：log计算，中心化和标准化。
1.log计算
可以在不改变所有数据线性关系的情况下使数据分布更紧凑，从而使颜色分布更均匀。由于log（0）无法计算，所以提供了步骤0，对所有数据加一个数，以使得计算能够进行，不同的加数会可能对绘图有不同的影响，需要调试使用。
2.中心化
对全部数据仅进行中心化处理可以使图例关于0对称：
3.标准化
相关意义可以上网搜索，在此不再赘述。仅对做热图而言，标准化可以使数据分布更紧凑。
特别注意
若按列进行处理，则同一列内数据的线性关系不受影响（即相对大小不发生改变），但是行与行之间的线性关系可能发生改变（破坏行间数据的相对大小关系）；若按行进行处理，同理。因此，若要进行中心化和标准化处理，建议对象（全部，按行，按列）保持统一，如下为正确示范：
如何使用输入数据原始值做热图？
由于本工具默认会进行一定的数据处理，若输入文件已经经过数据处理，或者是使用“绘制表格下载”得到的文件进行二次作图，则需要清除预设的数据处理，方法如下：将1-3步骤的选项全部选择“不处理”即可。由于第0步是第1步log计算的预处理，若log计算选择“不处理”，在第0步并不会进行处理。
如何调整配色方案？
1.经典搭配
最常用的“深-浅-深”配色方案。如：“红黑绿”，“红白蓝”，“彩虹色”等。
2.深-浅-深
大值和小值颜色深，中间值颜色浅，适用于展现上下调情况。
3.由深到浅
如何做出黑白两色的热图？
如何处理聚类，并根据聚类结果调整数据以重新绘制？
1.选择聚类的对象
如下，取消对列的聚类，使样本排序方式依据输入文件中的顺序。
2.聚类方法
具体含义可上网搜索，后续会将相关释义添加到本工具的说明中。默认选项为推荐的选项。
如何查看作图数据？
1.在图上显示数字
2.下载绘图表格
如下所示，下载的表格中的数据与下载时图片中数据完全对应，包括行和列的名称顺序和经过前期数据处理后的数值。
推荐用法：下载此表，删除离群样本或基因，重新上传，选择不处理数据（参见【如何使用原始值做热图？】），即可得到符合预期的热图。
基因太多导致名字重叠，怎么办？
1. 取消显示基因名
一般而言，对大量基因做热图时，是为了展现数据的总体趋势，此时没有必要显示出所有基因名。
2. 增加图片高度
优势减小字号也不一定能让行名清晰显示，在保持字号不变的情况下，增加图片高度可以自动拉长图片，为行名留出足够的书写空间。
需要注意的是，当增大图片高度时，网页上呈现的作图区域并不会因此调整（网页上的绘图区域目前暂时是固定的，以后会更新优化），但是能控制下载的图片，所以这个调整效果需要下载后才能看到。
如何对齐两张热图，以便拼接？
可以控制方格高度相等，如下图所示，两个数据得到的输出图片，在缩放比相同的情况下，绘图区域是对齐的。
特别注意：调整方格高度可能会导致图片出界，需要同时调整图片高度。另外，需要注意的是，调整图片高度的效果并不会在网页上展示，需要查看下载的图片（下右图）。
如何使图例数字范围对称？
1.中心化
对全部数据仅进行中心化处理可以使图例关于0对称：
2.调整图例极值
如下原图，图例范围为[-3，2]，有两种解决方案：
方案一：增大最小值。
如图，将图例最小值提高到-2，图上框出来的超出范围的格子被赋予图例最小值的颜色。即，超出最小值的数字颜色不再加深，统一变成图例最小值的颜色。
方案二：增加最大值。
如图，将图例最大值提高到3，此时没有数据超界，但是颜色分配发生了向下的移动，即，原来红色的区域，变成了橙黄色。
特别注意：图例极值一次只能调整一个，如上图，调整了最大值，就不能调整最小值（会自动隐藏），反之亦然。删除填入的值可取消隐藏，重新选择要调整的对象。
3.区别
中心化方法是调整了所有数据的值，使之落入一个对称的区间；调整极值的方法是把超出图例范围的数值重新赋予颜色。两者没有优劣之分，对于不同的情况，合适的就是最好的。
如何仅对一个样本数据做热图？
下表为示例数据：
上传该数据：若输入文件只有1列，或者所有列的数据都相同，会跳出如下提示框。同时会锁定如下操作：【绘图前数据处理】模块中的中心化和标准化只能“按列处理”或者“不处理”；【聚类】模块只能对“行”进行聚类或者不进行任何聚类。
另外，由于只有1列，自动将图片标题名设置为样本名（列名），同时不再显示列名：
如何恢复全局的默认值？
1.点击“恢复默认值”按键，左侧参数栏的所有参数会回复默认值（输入文件不会清空）：
2. 点击浏览器的“刷新”按键，可以重启整个工具页面（输入文件会清空，同时报错等问题也会消失）
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