利用OGDRAW绘制叶绿体圈图＋Geneious长度的统计

组装并注释完叶绿体基因组后，就要进行圈图的绘制。这里使用在线网站OGDRAW来绘制圈图。

主要参考教程：叶绿体基因组注释、圈图绘制~ CPGAVAS2，OGDRAW（图文教程） - 知乎

OGDRAW在线地址：MPI-MP CHLOROBOX - OGDRAW (mpg.de)

在打开这个网站绘图之前，接之前的Geneious注释教程，还要先把注释完之后的gb格式导出来。

（1）因为想要绘制圈图，所以在Geneious中要先把它转换成圈图的形式。在选中的序列上右键选择“Ciucular Sequence”，即可。

缩小界面即可看到完整的圈图

（2）在Geneious选中要导出的那条序列后，File→Export→Selected Documents，选择gb格式：

选择gb格式

之后所有的弹出窗口都选默认就可以。

（3）打开在线网站OGDRAW，选择OGDRAW，在upload处上载物种序列的gb文件，选择PS，勾选方框后选择Submit。具体各选项如下：

右侧的序列长度我给抹掉了，上传gb文件之后它会自己填充，from…to这里填的数字就是序列的长度

（4）结果出来后，点击output-graph，点击Download即可下载。

（5）下载后导入AI将圈图中央的物种名称改成自己物种的拉丁文，同时加上chloroplast genome即可。

所用软件：AI

【查看LSC等各部分的长度】

①回到Geneious中，在选定的序列上进行Annotate & Predict→Find Repeats，完成之后右键选择Circular Sequence，利用环状来统计各部分的长度。

找到两个IR区之后，可对比其repeat组成，因为是反向重复区，所以两个IR区包含的那些repeat肯定是互相之间方向相反的：

一个IR区 第二个IR区

可以看出，符合要求的有repeat19、repeat3、repeat27这三个，所以IR区的长度是这三部分合起来从头到尾的长度。

从一个IR区到另一个IR区，将整个的基因组分割成了两部分。这两部分中，长度长的是LSC，相对较短的就是SSC。

在Geneious中环状选择长度，只能往右走（即选择方向按shift键时只会向右，左边的选不了）。

如上图所示，在选择LSC/SSC区段的时候，不用管那个repeat132是否被劈开，没有影响，直接统计就行

基本来说，LSC+SSC+IRx2=序列总长度。