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aspera批量下载测序原始数据

aspera批量下载测序原始数据

作者: 阿来呀 | 来源:发表于2023-05-09 17:02 被阅读0次

下载aspera

软件官网:asperasoft.com

wget -c https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
tar -zxvf  ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
sh aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh

这一步推荐下载3.9.0以前的版本,我下载了最新的版本没有找到私钥,下载文件过程中会报错。

查看软件

1.软件下载至home目录下,进入home目录查看

cd #
ls -a
tree 3 L .aspera/  #树形展示.aspera/文件下3级目录

2.批量下载数据

for i in {9..16}
do
a0='~/.aspera/connect/bin/'
a1='ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR331/00'
a2=$(($i % 10))
a3='/ERR33103'$i
a4='_1.fastq.gz .'
a5='_2.fastq.gz .'
echo $a0$a1$a2$a3$a3$a4
echo $a0$a1$a2$a3$a3$a5
done >>ascp.command
nohup bash ascp.command & #后台下载,如果不是很熟练的话,建议前台下载。

下面上以上循环的网站,大家可以根据自己所下载文件的编号进行修改

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/009/SRR1805929/SRR1805929_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/009/SRR1805929/SRR1805929_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/000/SRR1805930/SRR1805930_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/000/SRR1805930/SRR1805930_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/001/SRR1805931/SRR1805931_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/007/SRR1805937/SRR1805937_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/001/SRR1805951/SRR1805951_1.fastq.gz

3.下载
正常的话现在就可以下载了

Session Stop  (Error: Server aborted session: No such file or directory) #这个就是个位数所导致的出错,后面又单独下载了。

Session Stop  (Error: Server aborted session: No such file or directory)
ERR3310310_1.fastq.gz                                                                                                                                                                100% 1512MB  289Mb/s    00:54    
Completed: 1548504K bytes transferred in 55 seconds
 (229439K bits/sec), in 1 file.
ERR3310310_2.fastq.gz                                                                                                                                                                100% 1773MB  290Mb/s    00:53    
Completed: 1816554K bytes transferred in 54 seconds
 (274884K bits/sec), in 1 file.
ERR3310311_1.fastq.gz                                                                                                                                                                100% 1695MB  288Mb/s    00:56    
Completed: 1736188K bytes transferred in 57 seconds
 (245472K bits/sec), in 1 file.

4.下载完成后即可进行后续质控分析了

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