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aspera批量下载测序原始数据

aspera批量下载测序原始数据

作者: 阿来呀 | 来源:发表于2023-05-09 17:02 被阅读0次

    下载aspera

    软件官网:asperasoft.com

    wget -c https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
    tar -zxvf  ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
    sh aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh
    

    这一步推荐下载3.9.0以前的版本,我下载了最新的版本没有找到私钥,下载文件过程中会报错。

    查看软件

    1.软件下载至home目录下,进入home目录查看

    cd #
    ls -a
    tree 3 L .aspera/  #树形展示.aspera/文件下3级目录
    

    2.批量下载数据

    for i in {9..16}
    do
    a0='~/.aspera/connect/bin/'
    a1='ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR331/00'
    a2=$(($i % 10))
    a3='/ERR33103'$i
    a4='_1.fastq.gz .'
    a5='_2.fastq.gz .'
    echo $a0$a1$a2$a3$a3$a4
    echo $a0$a1$a2$a3$a3$a5
    done >>ascp.command
    nohup bash ascp.command & #后台下载,如果不是很熟练的话,建议前台下载。
    

    下面上以上循环的网站,大家可以根据自己所下载文件的编号进行修改

    ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/009/SRR1805929/SRR1805929_1.fastq.gz
    ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/009/SRR1805929/SRR1805929_2.fastq.gz
    ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/000/SRR1805930/SRR1805930_1.fastq.gz
    ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/000/SRR1805930/SRR1805930_2.fastq.gz
    ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/001/SRR1805931/SRR1805931_1.fastq.gz
    ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/007/SRR1805937/SRR1805937_1.fastq.gz
    ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/001/SRR1805951/SRR1805951_1.fastq.gz
    

    3.下载
    正常的话现在就可以下载了

    Session Stop  (Error: Server aborted session: No such file or directory) #这个就是个位数所导致的出错,后面又单独下载了。
    
    Session Stop  (Error: Server aborted session: No such file or directory)
    ERR3310310_1.fastq.gz                                                                                                                                                                100% 1512MB  289Mb/s    00:54    
    Completed: 1548504K bytes transferred in 55 seconds
     (229439K bits/sec), in 1 file.
    ERR3310310_2.fastq.gz                                                                                                                                                                100% 1773MB  290Mb/s    00:53    
    Completed: 1816554K bytes transferred in 54 seconds
     (274884K bits/sec), in 1 file.
    ERR3310311_1.fastq.gz                                                                                                                                                                100% 1695MB  288Mb/s    00:56    
    Completed: 1736188K bytes transferred in 57 seconds
     (245472K bits/sec), in 1 file.
    

    4.下载完成后即可进行后续质控分析了

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