一、准备

java环境：https://www.java.com/zh_CN/

plink：https://www.cog-genomics.org/plink2（目前1.9版本）

haploview：https://www.baidu.com/link?url=XnPodoOo7vBS_ZQPejgGVso3y14WDVGXDoDOh2Sn30xGnwHVX-1QUqpySIjdXY689XLEhuE_8w7wjTLwQDw9Hyj8O8YiJld58-Bg4y0BF77&wd=&eqid=92f7b2f80000b624000000025cab3a03

GPLINK：http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/gplink.shtml#down（睁大眼镜仔细找在哪里下载）

java相当于一个运行的环境，如果把GPLINK比作篮球的话，那么GLINK类似于篮球场，你只有在篮球场里打篮球才符合规定。

java下载直接和平时的软件一样安装，相信大家都会。

plink、haploview、GPLINK下载下来的都是安装包，其中plink需要解压缩，而haploview、GPLINK保持压缩包形式即可，最终形态长这样：

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二、运行

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直接右键，选择打开方式，JAVA，运行GPLINK，我们在这里只举个例子，进行简单的

1.文件导入

2.数据筛选（质量控制）

3.最基本的关联分析

1.文件导入

我已经提前准备好了  cow.map 和 cow.ped 文件

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按上述方法打开GPLINK

PS：基于plink的Gplink是开发专门用于人GWAS的，我这里是分析cow的，所以可以在Execute command中加入命令--cow --

可以看到最后我蓝色标注的部分，识别出140668个标记数据，以及190头牛

2.数据筛选（质量控制）

3.最基本的关联分析

这两个章合在一起讲

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最后的结果长这样，原谅我不能全部截图，因为数据不能泄露。

最后给大家推荐这个软件https://notepad-plus-plus.org/（可以打开各种大型文档，用于查看，但是编辑的话还是比较卡，推荐大家使用R语言中的data包）

参考文章：

http://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/10129785.html

https://blog.csdn.net/minto4799/article/details/82694580

http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/anal.shtml#qt

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3313221&do=blog&id=1149266

http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102w2eg.html

https://mp.weixin.qq.com/s/GXKNjm4F7QNRsdmG6cgPSA

http://www.sohu.com/a/207820817_761120

特别感谢以上作者