10x单细胞测序数据回来后，我们可以用Cellranger软件处理
处理带有CITESEQ的单细胞数据：
cellranger count --id=xxx --transcriptome=ref path --libraries=xxx.lib.txt --feature-ref=xxx.barcoderef.csv
xxx.lib.txt的格式为：
fastqs,sample,library_type
xxx,X1,Gene Expression
...
xxx,C1,Antibody Capture
xxx.barcoderef.csv格式为：
id,name,read,pattern,sequence,feature_type
CITE-1,CITE-1,R2,NNNNNNNNNN(BC),CITESeq序列,Antibody Capture
注意查看官网说明，有可能在细节上有区别
后续R语言处理：
从cellranger结果文件夹中读取成稀疏矩阵形式：
library(Seurat)
Read10X("xxx")
探序列基因，生物信息解决方案
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本文标题：处理10x单细胞测序数据
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/lnwkvdtx.html
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