从1999年开始，钟南山就带领团队提出对慢性阻塞性肺病进行早期干预。慢性阻塞性肺疾病在中国是人群死因前三位的一种疾病，是钟南山的一个重要研究方向。
此前，钟南山及其团队相关成果被写进世卫组织编撰的新版慢性阻塞性肺病全球防治指南。其中两篇论文分别被评为《柳叶刀》2008年度最佳论文和2014年度国际环境与流行病研究领域最佳论文。
2017年9月7日，钟南山、冉丕鑫有关慢性阻塞性肺病的论文发表在《新英格兰医学杂志》上，随机、双盲、安慰剂对照的试验结果显示：使用噻托溴铵的一组患者和使用安慰剂一组的患者相比，肺功能改善率明显提升，从一般的50-60ML提高至120-170ML。这引发了全球呼吸疾病领域的轰动，这也被他视为非典后最满意的一件事情。
钟南山表示，“我们希望，在经过一段时间努力后，百姓在基层做肺功能检查时，只需要吹一口气，就知道有没有肺功能下降。从而在发展成中重度慢阻肺之前，进行早期干预和治疗。如果在我国广泛地开展早诊早治，相信不久的将来，我国的慢阻肺治疗水平可以领先全世界。”
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