用Python读取FASTA格式的多序列文件，并把特定物种的相关

作者: 懒猪曼达 | 来源:发表于2022-10-10 11:01 被阅读0次

用Python读取FASTA格式的多序列文件，并把特定物种的相关
Python脚本：fasta文件单序列信息提取
解析数据记录
利用python将gbk格式转换为fasta &&
#分子模拟# 用python将PDB转化成FASTA
python--处理 fasta 和 fastq 文件
用Python读取FASTA格式的序列文件，并只将序列ID写入到
基因家族鉴定---Blastp
系统进化树的构建
利用Python将GB格式序列文件转换成 Fasta格式文件

输入文件的格式假定如下：

>sp |PO3372| ESR1_HUMAN Estrogen receptor OS = Homo sapiens

HVESDKVPVASIHATLNGPGSIRITWSN...

>sp |PO3472| ESR1_HUMAN Estrogen receptor OS = Homo sapiens

HVESDKVPVASIHATLNGPGSIRITWSNP...

>sp |PO3672| ESR1_HUMAN Estrogen receptor OS = Amphimedon queenslandica

VASIHATLNGPGSIRITWSNPVKPNGLIIHY...

代码实例及输出结果展示：

思路流程图：

用Python读取FASTA格式的多序列文件，并把特定物种的相关
输入文件的格式假定如下：>sp |PO3372| ESR1_HUMAN Estrogen receptor OS ...
Python脚本：fasta文件单序列信息提取
使用Python对fasta格式的序列进行基本信息统计预期设计输出文件中包括fasta文件名，序列长度，GC含量以...
解析数据记录
一：读取和写入多序列fasta文件,并将每条记录（序列+标题）写入不同的文件中。只适合去掉换行符的序列，用per...
利用python将gbk格式转换为fasta &&
将gbk格式文件转换成fasta格式文件将多个fasta序列中提取含有'Homo sapiens'的序列请关注...
#分子模拟# 用python将PDB转化成FASTA
用python将PDB转化成FASTA 很多时候我们都需要读取PDB的序列文件，虽然这个很容易，很多软件也可以做到...
python--处理 fasta 和 fastq 文件
fasta文件格式：fasta 文件为一个 ID 对应一个序列,可以是转录本序列, 蛋白序列 ''' V350...
用Python读取FASTA格式的序列文件，并只将序列ID写入到
输入文件(Fasta_text.txt)的格式假定如下：>evm.model.Contig624.10ATGAGT...
基因家族鉴定---Blastp
数据：研究物种的基因组文件：Protein.fasta 近源种的基因家族蛋白序列 :protein.fasta ...
系统进化树的构建
一、多物种某基因家族的氨基酸序列fasta文件的准备（此例为yth基因家族） 1.已鉴定物种的某基因家族文件的获取...
利用Python将GB格式序列文件转换成 Fasta格式文件
在分子生物学中我们会有将GB格式序列文件转换成 Fasta格式文件的需求，这里我们利用python脚本来解决这...