RepeatMasker的安装与使用 2021-02-28

一、软件安装

conda install repeatmasker -c bioconda

二、配置

1. 将Repbase解压后放到Libraries下
2. 配置

cd  /miniconda3/envs/bioinfo/share/RepeatMasker
./configure

先选择trf位置，直接enter，再选择Search Engine，先输入2，RMBlast，再输入5，done。
完成配置，出现一下界面：

image.png

三、使用

首先确定数据库中是否收录了目标物种
一些教程是利用./util/queryRepeatDatabase.pl -tree来查看，但我没有找到queryRepeatDatabase.pl文件。
可以参看“RepeatMasker/Libraries/taxonomy.dat”中的物种信息，所有已收录物种的名称都存储在该文件中。

mkdir 00-RepeatMask  #提前建立输出目录
nohup RepeatMasker -no_is -e NCBI -species Brassica  -pa 6 -html -gff  -dir 00-RepeatMask pilon_polished2.fasta  &

-species 选择物种
-pa 并行计算
-dir 输出目录

查看系统核数：

grep ^processor /proc/cpuinfo | wc -l

四、报错

报错： blast database error: error: not a valid version 4 database
rmblastn -version
版本为2.2.27+，版本低，用最新版本的rmblastn替换。

从 http://repeatmasker.org/RMBlast.html 下载Pre-compiled Package，并将原来的rmblast替换掉。

wget -c http://repeatmasker.org/rmblast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz
tar -zxvf rmblast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz
cd ~/miniconda3/envs/bioinfo/bin
rm rmblastn
cp ~/rmblast-2.10.0/bin/rmblastn .

参考：

https://www.jianshu.com/p/931e9821c45a?utm_campaign=haruki
https://zhuanlan.zhihu.com/p/265691266
https://www.jianshu.com/p/ffdbedae80fa