snakemake杂记：批量提交任务指定任务的名字

批量提交的时候显示的名字是这样，可以在提交任务的时候指定--job-name

#!/bin/bash


#SBATCH --job-name="syri"
#SBATCH -n 2 #threads
#SBATCH -N 1 #node number
#SBATCH --mem=2000
#SBATCH --partition=cuPartition
#SBATCH --mail-user=mingyan24@126.com
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

source activate syri
snakemake --cluster "sbatch --output=/data/myan/slurm.out/%j.out \
--error=/data/myan/slurm.out/%j.out --cpus-per-task={threads} \
--mail-type=END,FAIL --mail-user=mingyan24@126.com \
--mem={resources.mem} --partition=tcum256c128Partition \
--job-name={params.job_name}" \
--jobs 8 -s minimap2_syri_vg.smk

然后在每个rule里都加上

params:
    job_name = "abc"

还没有试可不可行，这个是问chatGPT问到的

批量提交任务的时候如果有一个任务失败，整个流程就会断掉，如果想要继续提交，不收失败任务的影响添加参数 --keep-going

--keep-going, -k      Go on with independent jobs if a job fails. (default: False)