Qiime2的目标是做一个开放平台，其目标不止于16S/ITS/18S等扩增子分析，未来还可以进行宏基因组、代谢组等分析，这不，这里分享的就是一个宏基因组分析的插件。

认识下mOTU

mOTU是一种对宏基因组数据进行分类分析的工具，根据官网的各个机构的图标，应该是欧洲的研究者开发了它，可能不少同鞋对这个软件用过或有所耳闻，不过，在中文互联网上能搜索到的内容并不多。这也在某种程度上说明了它的不是太主流的地位。

图标设计的不是很靓，不过，关键的是内功呢
mOTU试图利用在40个通用基因标记（40 MGs）序列的差异的帮助下正式化的生物体的基因组信息来构建分类法。分类法的基本单位是 mOTU，因此它用于输出。

q2-mOTU 插件

Q2-mOTU是一个用于的QIIME 封装。输入是从直接从环境样本中提取的DNA生成的宏基因组数据（表示为一个或多个fastq文件），输出是识别存在哪些物种并量化其丰度的分类学概况。
Microbial abundance, activity and population genomic profiling with mOTUs (motu-tool.org)

安装

GitHub 描述了安装步骤：

要求

• QIIME 2 >= 2022.8
• Git

已知问题

QIIME2 将数据复制到临时目录。默认情况下，它位于/tmp文件夹中，该文件夹可能没有足够的空间来存储数据。请在数据导入期间将TMPDIR变量更改为具有足够空间的文件夹。

安装步骤

确保首先在QIIME2环境中安装mamba。这将有助于更快地解决依赖冲突：

conda activate qiime2-2022.8
conda install mamba -c conda-forge

接下来，安装 q2-mOTU

git clone https://github.com/motu-tool/q2-mOTUs
cd q2-mOTUs
make install

测试安装

qiime dev refresh-cache
qiime motus --help

教程

有两种方法可以在QIIME 2使用mOTU-tool

1. 直接分析宏基因组样品

qiime motus profile \
--i-samples artifacts/study-seqs.qza \
--p-threads 8 \
--o-table artifacts/motu-table.qza \
--o-taxonomy artifacts/motu-taxonomy.qza

2. 导入预先计算的mOTUs表

注意：预处理的 mOTU 表应从完整的分类-c（标志）和计数-q（标志）配置文件生成。

qiime motus import-table \
--i-motus-table $TMPDIR/merged.motus \
--o-table artifacts/motu-table.qza \
--o-taxonomy artifacts/motu-taxonomy.qza

与其他QIIME 2工具的兼容性

Core QIIME 2

我们可以对其进行总结。FeatureTable[Frequency] motu-table.qza

qiime feature-table summarize \
--i-table artifacts/motu-table.qza \
--o-visualization visualizations/motu-table-summary.qzv

motu-table-summary.qzv

其他插件

我们可以使用q2-krona生成一个美丽的克罗纳图：

qiime krona collapse-and-plot \
--i-table artifacts/motu-table-feces.qza \
--i-taxonomy artifacts/motu-taxonomy.qza \
--o-krona-plot visualizations/motu-krona-feces.qzv

motu-krona-feces.qzv

扩展教程

本教程的扩展版本可以在 GitHub 存储库中找到：Q2-mOTU教程