玄门内部门派繁多，因分配示准差别而名称各别。
据学理分有积善派、经典派、符录派、丹鼎派（金丹派）、占验派五类。按地域分有龙门派、崂山派、随山派、遇山派、西岳派、嵛山派、老西岳派、鹤山派、霍山派、武当派等。
按人划分则有少阳派（王玄甫）、正阳派（钟离汉）、纯阳派（吕洞宾）、海蟾派（刘操）、三丰派（张三丰）、萨祖派（萨守坚）、紫阳派（张伯端）、伍柳派（伍冲虚、柳华阳）、重阳派（王中孚）、尹喜派（关尹）、金山派（孙玄清）、阎祖派（阎希言）等。
按道门分有混元派（太上老君）、南无派（谭处瑞）、寂静派（孙不贰）、金辉派（齐本守）、正乙派（张虚静）、清微派（马丹阳）、天仙派（吕纯阳）、玄武派（真武大帝）、净明派（许旌阳）、云阳派（张果老）、虚无派（李铁拐）、云鹤派（何仙姑）、金丹派（曹国舅）、玉线派（樵阳真人）、灵宝派（周祖）、太一教（萧抱珍）、全真教（王重阳）、正一教（张宗演）、真空派（鼓祖）、铁冠派（周祖）、日新派、天然派（张三丰）、天赋派、广慧派等。
汗青上另外正一宗（张道陵）、南宗（吕纯阳）、北宗（王重阳）、真大宗（张清志）、太一宗（黄洞一）、五大宗之分法和天师道、全真道、灵宝道、清微道四大派的分法。另外道德、天赋、灵宝、正一、清微、净明、玉堂、天心八派的说法。
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