土壤是自然界最复杂的生态系统之一，是多介质相互作用的复杂环境，具有过程多样性和各向分异性特征。采用非靶向代谢组学方法对土壤中的小分子代谢谱进行分析，具有高通量、高灵敏度的特点，同时也可结合土壤微生物组高通量测序等多组学手段，有助于研究从微生物群落结构和功能到代谢途径的变化。
土壤代谢物来源
soil metabolomics
（1）土壤微生物对于环境中物质如有机质的代谢分解
（2）土壤中的植物根系分泌物
（3）土壤微生物本身的内源性代谢物
（4）外来污染物
土壤代谢组应用领域
soilomics
土壤代谢组研发实测数据
soil metabolomics
· 实验流程：
· 鉴定数目：380+
· 检测结果中代谢物分类归属信息：
图1 实测土壤代谢组检测结果1
图2 实测土壤代谢组检测结果2（注：不同类型土壤的检测结果差异较大）
· 代谢物实测结果示例：
土壤多组学经典研究案例
soil metabolomics
New insights into the responses of soil microorganisms to polycyclic aromatic hydrocarbon stress by combining enzyme activity and sequencing analysis with metabolomicsEnvironmental Pollution IF= 6.792
背景：
多环芳烃(PAHs)是土壤中普遍存在的污染物，主要是由化石燃料或其他有机物质的不完全燃烧排放产生的，多环芳烃污染会扰乱土壤生态环境，对土壤生物和人类造成严重的致癌、致畸和致突变风险，从而极大地限制了土壤利用。微生物是评价土壤健康的重要指标。作者通过比较高浓度PAHs污染后的土壤中的微生物的种类和丰富、土壤代谢物的区别，去探究土壤质量和污染物之间的联系。
· 主要实验方法：非靶向代谢组学& 16S高通量测序
主要结论：
(1) 多环芳烃胁迫处理组ST和对照组CK土壤中微生物相比，根状杆菌显著富集，而鞘氨醇杆菌、分枝杆菌、马西莱氏菌、芽孢杆菌和假杆菌等显著减少，革兰氏阳性菌比革兰氏阴性菌更容易受到多环芳烃胁迫。
（2）多环芳烃胁迫极大地抑制了脂质代谢，影响了碳水化合物代谢、氨基酸代谢和次级代谢物合成。
(3) 构建差异微生物和差异代谢物的相关性网络，结果发现，变形菌门和拟杆菌门、嗜热菌门、变形杆菌门等和甾醇、黄烷酮、麦角甾醇、3-羟基丁酸等代谢物表现出强相关性，提示这些微生物可能是对多环芳烃胁迫的不同反应的关键驱动因素。
原文链接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0269749119335237
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