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windows系统下载NCBI的SRA序列文件

windows系统下载NCBI的SRA序列文件

作者: Oodelay | 来源:发表于2020-07-16 19:55 被阅读0次

    按照之前的套路从NCBI上下载SRA序列文件,发现走不通了
    可能是官方推动使用SRA Toolkit,而关掉了ftp下载路径

    ATTENTION

    之前已经被师兄警告,不能使用单位服务器的批量下载功能从网上下载大体量文件
    所以linux环境下的命令行操作也不行了

    无奈,尝试在window环境下使用SRA Toolkit

    1、从文献中获取数据集索引号accession,如 SRP140546SRP201641

    2、登录官网,获取样本accession列表和分组文件

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=???
    

    此处用数据集accession替换???,下载SRR_Acc_List.txtmetadata

    3、下载window版本的Toolkit,解压到某一路径

    https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit
    

    4、win + R,进入DOS界面,进入某一路径

    5、执行下载命令

    your_path\prefecth.exe --type fastq  --option-file your_path\Sra_Acc_List.txt
    

    将fastq格式的序列文件下载到当前路径

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