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使用seqtk来分割混合的fastq序列

使用seqtk来分割混合的fastq序列

作者: 螺旋挖矿 | 来源:发表于2018-04-02 19:46 被阅读0次

前几天从SRA数据库下载的.sra数据在解压的时候没有使用

fastq-dump --split-files DRR**来分割两个文件，而是直接生成了一个fastq文件

然而我使用trimming来过滤的时候，用PE命令却需要输入两个文件。

本想再去重新下载数据（很麻烦），但是好友samual推荐了一款软件seqtk可以用来分割混合的fastq文件

我试了试，果然可以

安装命令：

git clone https://github.com/lh3/seqtk.git;cdseqtk;

cd seqtk; 

make

然后就可以用了.但是需要./seqtk才能使用seqtk这个软件。

命令如下：

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