比对其实就是如此

fastq1和fastq2特定的cluster的序列

• @SRR8980088.3 fastq的identifier
• 基于此可以找到下机数据中该编号对应的序列；

a=/trainee/vip13/test
####查看对应的序列
zcat /trainee/vip13/test/SRR8980088_2_val_2.fq.gz|grep -A1 'SRR8980088.3'|head -n2|grep -v @
zcat /trainee/vip13/test/SRR8980088_1_val_1.fq.gz|grep -A1 'SRR8980088.3'|head -n2|grep -v @

fastq1 fastq2

fastq在SAM|BAM文件中的展示

• 基于此，可以在SAM/BAM文件中找到，其比对到fasta上的序列
• 在这里的体现是：fastq1与fa方向一致，fastq2与fa反向互补；

cat /trainee/vip13/test/SRR8980088.sam|grep SRR8980088.3|head -n2|cut -f1,10

SAM/BAM

Fastq中的read在fasta中的位置-SAM/BAM

• 上述identifier由比对结果看，位于chr1；
• 从fasta中将chr1序列提取出来，截取出其对应的碱基位置，进行查看；
• 依据，SAM中对于pos的解释，为比对上的reference左端的位置，所以，最后截取的reference的位置，为 左（小）~（左（大）+读长-1），这也就是echo $((110954876+149))的来由；
• grep -i所跟序列为SAM|BAM中所对应的比对序列；

sam/bam/pos
lib_PEseq.jpg

##从fa文件将chr1序列提取出来
zcat /trainee/vip13/test/hg38.fa.gz |sed -n '/chr1$/,/chr10$/p' > test.txt
###需要精确确定位置，所以，chr的字样需要去除
cat test.txt |grep -v '>chr' > chr1.txt
echo $((110954876+149))
###相应的，换行符等也要去掉
cat /trainee/vip13/test/chr1.txt |tr -d '\n'|cut -c 110954736-110955025|grep -i 

sam_fq1
sam_fq2