GATK4 非Spark模式运行

更新时间：2022-02-15 GMT+08:00

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操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令，BWA index对fasta文件构建索引。

bwa index -a bwtsw human_g1k_v37.fasta

3. 执行以下命令，BWA mapping对fastq文件进行比对。

gatk CreateSequenceDictionary -R human_g1k_v37.fasta -O human_g1k_v37.dict

bwa mem -M -t 64 human_g1k_v37.fasta SRR742200_1.fastq SRR742200_2.fastq > SRR7.sam

4. 执行以下命令，Reorder对基因序列进行重新排序。

gatk ReorderSam -I SRR7.sam -O SRR7_reorder.bam -R human_g1k_v37.fasta

5. 执行以下命令，Sort对基因序列按照坐标顺序从大到小排序。

gatk SortSam -I SRR7_reorder.bam -O SRR7_sorted.bam --SORT_ORDER coordinate

6. 执行以下命令，Add head对基因序列进行加头处理。

gatk AddOrReplaceReadGroups -I SRR7_sorted.bam -O SRR7_addhead.bam -LB lib1 -PL illumina -PU unit1 -SM 20

7. 执行以下命令，Mark Duplicates对基因序列去重。

gatk MarkDuplicates -I SRR7_addhead.bam -M test.metric -O SRR7_markdup.bam

8. 执行以下命令，BQSR进行重新校准。
   1. 执行以下命令对fasta参考文件进行重新排列生成fai文件。

samtools faidx human_g1k_v37.fasta > human_g1k_v37.fai

2.  执行以下命令给vcf文件加index。

gatk IndexFeatureFile -F dbsnp132_20101103.vcf

gatk BaseRecalibrator -I SRR7_markdup.bam --known-sites dbsnp132_20101103.vcf -O SRR7_bqsr.bam -R human_g1k_v37.fasta

gatk ApplyBQSR -bqsr SRR7_bqsr.bam -I SRR7_markdup.bam -O SRR7_aybqsr.bam

9. 执行以下命令，HaplortypeCaller变异流程检测。

gatk HaplotypeCaller -I SRR7_aybqsr.bam -O SRR7_raw.vcf -R human_g1k_v37.fasta

转载自：
GATK4 非Spark模式运行鲲鹏BoostKit HPC使能套件移植指南（开源组件）其他GATK 4.0.0.0 移植指南（CentOS 7.6）运行和验证华为云 (huaweicloud.com)