FST分析

首先将plink文件转化成VCF文件（转换方法见plink章）
准备两个种群文件sample1andsample2

sample1代表一个群体ID

xi1
XI2
xi3

sample2代表一个群体的ID。

qi1
qi2
qi3
qi4

用vcftools进行fst分析:test.vcf为输入文件。

vcftools --vcf test.vcf –weir-fst-pop sample.txt –weir-fst-pop sample2.txt –out outfile

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