十年前收集病人五年前公布数据今天发nature

文章信息

题目：Immune evasion before tumour invasion in early lung squamous carcinogenesis

杂志：nature

时间：26-june-2009

链接: https://www.nature.com/articles/s41586-019-1330-0

本nature文章成本之低，令人咂舌，在GSE33479可以找到数据描述详情，仅仅是来自于77个病人的122个样品的表达量芯片数据，分布如下：

• 13 biopsies with normal histology normofluorescent (8/5 biopsies from former/current smokers)
• 14 with normal histology and hypofluorescent (8/6)
• 15 hyperplasia (7/8)
• 15 metaplasia (5/10)
• 13 mild dysplasia (8/5)
• 13 moderate dysplasia (7/6)
• 12 severe dysplasia (2/10)
• 13 carcinoma in situ (5/8)
• 14 squamous cell carcinoma (SCC, 5/9).

需要对肺鳞癌这个疾病的发生发展有一定的认识才能看懂上面的实验设计，总之是9个不同进展时期，从正常组织到癌症组织的蜕变，可以划分为4个步骤，分别是 normal, low grade, high grade and SCC

所以主要的分析集中在使用WGCNA算法找基因模块，不同疾病进展阶段的基因表达量的变化模式的生物学意义，以及免疫浸润相关细胞比例的变化。

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值得一提的是，作者使用WGCNA处理他们的数据的代码都共享在GitHub哦：https://github.com/Precancer/SCC 供有缘人学习。