- 跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot
- 跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot
- 跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot
- 跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot
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- 跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot
- 跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot
- 跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot
- 统计绘图 | 这个能不能作为【火山图】?
- 跟着Nature Genetics学作图:R语言ggplot2散
论文
Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specific vulnerabilities during obesity
https://www.nature.com/articles/s42255-022-00674-x#Sec58
s42255-022-00674-x.pdf
https://github.com/Osynchronika/sc_EC_obesity_atlas
大部分 作图的数据都有,可以试着用论文中提供的数据复现一下论文中的图
今天的推文我们复现一下论文中的figure4f

之前的推文也介绍过这种形式的饼图,可以也看看之前的推文
今天的这个图上下两层分开做,然后采用拼图的方式实现
饼图上展示比例的文本如何添加的精确的位置我暂时想不到比较好的方法了,推文里的解决办法是构造大体的坐标,然后出图后手动调节
论文中提供的数据

第一层饼图的数据整理成如下格式

作图代码
library(ggplot2)
library(scatterpie)
library(readxl)
library(tidyverse)
fig4f.df01<-read_excel("data/20230207/figure4f.xlsx",
sheet = "Sheet1")
fig4f.df01
ggplot()+
geom_scatterpie(data=fig4f.df01,
aes(x,y,group=region,r=0.4),
cols = c("A","B"))+
coord_equal()
fig4f.df01
fig4f.df01 %>%
rowwise() %>%
mutate(A_prop=paste0(round(A/(A+B),2)*100,"%"),
B_prop=paste0(round(B/(A+B),2)*100,"%"),
x_A=x+0.1,
x_B=x-0.1,
y_A=y,y_B=y) -> fig4f.df01.1
ggplot()+
geom_scatterpie(data=fig4f.df01.1,
aes(x,y,group=region,r=0.4),
cols = c("A","B"))+
coord_equal()+
geom_text(data=fig4f.df01.1,
aes(x=x_A,y=y_A,label=A_prop),
hjust=0,color="black")+
geom_text(data=fig4f.df01.1,
aes(x=x_B,y=y_B,label=B_prop),
hjust=1,color="white")+
theme_void()+
theme(axis.title.y = element_text(angle = 90),
legend.title = element_blank())+
scale_fill_manual(values = c("A"="#89bd41","B"="#e20613"),
labels=c("A"="Obesity: up\nRev: restored",
"B"="Obesity: up\nRev: not restored"))+
labs(y="Upregulated")+
geom_text(data = data.frame(x=1:7,y=1.5,label=c("Brain","Heart","Lungs",
"Kidneys","Liver","Vis AT","Sc AT")),
aes(x=x,y=y,label=label),
fontface="bold")

第二层的思路是一样的
作图数据手动整理成如下格式

作图代码
fig4f.df02<-read_excel("data/20230207/figure4f.xlsx",
sheet = "Sheet2")
fig4f.df02
fig4f.df02
fig4f.df02 %>%
rowwise() %>%
mutate(A_prop=paste0(round(A/(A+B),2)*100,"%"),
B_prop=paste0(round(B/(A+B),2)*100,"%"),
x_A=x+0.1,
x_B=x-0.1,
y_A=y,y_B=y) -> fig4f.df02.1
ggplot()+
geom_scatterpie(data=fig4f.df02.1,
aes(x,y,group=region,r=0.4),
cols = c("A","B"))+
coord_equal()+
geom_text(data=fig4f.df02.1,
aes(x=x_A,y=y_A,label=A_prop),
hjust=0,color="white")+
geom_text(data=fig4f.df02.1,
aes(x=x_B,y=y_B,label=B_prop),
hjust=1,color="black")+
theme_void()+
theme(axis.title.y = element_text(angle = 90),
legend.title = element_blank())+
scale_fill_manual(values = c("A"="#312782","B"="#8abe42"),
labels=c("A"="Obesity: down\nRev: restored",
"B"="Obesity: down\nRev: not restored"))+
labs(y="Downregulated")

最后是拼图
library(patchwork)
p1/p2
出图后再手动编辑文本的位置

示例数据和代码可以给推文点赞,然后点击在看,最后留言获取
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
点击三个点,会跳出界面

直接点击 设为星标 就可以了

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