美文网首页
DRISEE安装与试用

DRISEE安装与试用

作者: 少年英雄小猪熊 | 来源:发表于2018-12-03 20:05 被阅读0次

    [TOC]


    安装环境

    Ubuntu18.10


    https://github.com/MG-RAST/DRISEE
    按照这里的流程安装
    perl 我记得安装过了
    Python是3.6
    pip install numpy==1.7.1也安装成了。
    但是到了qiime的安装就遇到了问题。
    pip to install qiime
    下载了一段时间后,问题是这样的

    pip3 install qiime
    Collecting qiime
      Using cached https://files.pythonhosted.org/packages/a2/9e/094c330d85e6d519f643f6c6381a575df7a09f1f9bcd59bddbfbdd1a8506/qiime-1.9.1.tar.gz
        Complete output from command python setup.py egg_info:
        Traceback (most recent call last):
          File "<string>", line 1, in <module>
          File "/tmp/pip-build-orkd_3a4/qiime/setup.py", line 363
            if all([e not in sys.argv for e in 'egg_info', 'sdist', 'register']):
                                                         ^
        SyntaxError: invalid syntax
    

    初步怀疑是Python版本太新了。下面网址里的安装介绍,说明是Python版本问题。
    QIIME安装说明文档:http://qiime.org/install/install.html
    里面有这句话:
    QIIME consists of native Python 2 code and additionally wraps many external applications. These instructions describe how to perform a base installation of QIIME using Miniconda.
    QIIME由原生Python 2代码组成,另外还包含许多外部应用程序。 这些说明描述了如何使用Miniconda执行QIIME的基本安装。

    相关文章

      网友评论

          本文标题:DRISEE安装与试用

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/mcyucqtx.html