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ggplot做回归、折线图并添加置信区间

ggplot做回归、折线图并添加置信区间

作者: KS科研分享与服务 | 来源:发表于2022-05-30 11:15 被阅读0次

还是之前的《cell》文章,往期如下:

1、复现《Cell》图表:柱状图|添加分组注释|legend设置

2、复现《Cell》图表:双侧柱状图及坐标轴设置|ComplexHeatmap图例设置

3、复现《Cell》图表:多形状气泡图

这是一篇长文,包含有以下内容,可解决你在拟合作图方面的问题:

(一)这篇文章中有很多回归分析,如下图,图是散点图,并添加了回归直线和置信区间,也添加了相关系数。ggplot和ggscatter都可以实现这个图。所以这里我们使用这两种函数绘图并利用循环,一劳永逸,批量出图。

image.png

我的复现结果:

image.png

当然我们并不满足于此,还可以将三组回归结果放在一起:

image.png

(二)当然了,关系不一定都是线性关系,所以这里示范一下曲线拟合,这就比较简单了,选择曲线拟合方法即可。

image.png

(三)最后,有小伙伴问道如下折线图,也是添加了置信区间,其实这个图类似于我们以前做过的一个图(基因或蛋白表达谱的时间趋势分析---从趋势寻找规律),这里我们用ggplot做一下。还是最简单的办法,无需单独计算置信和平均值,直接用stat_summary函数。(R语言ggplot批量做折线图并添加误差线(for 循环)

image.png

(Reference:Cell-fate transition and determination analysis of mouse male germ cells throughout development)

直接使用循环出图吧,结果如下:

image.png

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