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GSAman | 人工矫正注释,加速>300倍,支持转录本灵活操

GSAman | 人工矫正注释,加速>300倍,支持转录本灵活操

作者: 生信石头 | 来源:发表于2022-10-10 23:02 被阅读0次

    今天间断忙了工作的事情,也忙了家务事项。总的来说,就是啥也没干。晚间,这一天白过也不行。于是还是捡起来 IGV-GSAman 继续优化。
    当然,主要就还是速度方面的优化,最新版本 0.6.5 相比于前面版本加速了300倍,相对于0.3.0,加速了估计上千倍。逻辑上,现在整体拖拽调整外显子区间的响应速度,应该比市面上唯一可用的Apollo的响应速度还快。当然,或许是速度相当?我手上没有合适的工具,就没测试了。
    不过对于本地软件IGV速度必然还是比JBrowser快的,这个无需考虑。
    当然,最新版本还增加了几个功能,其中主要来自于网友“牧心”的建议。基于他的说法,他已经用 GSAman 完成了自己基因的基因结构注释矫正,几天时间鼓捣了几百个基因的注释矫正。用的还是旧版本,如果是最新版本,我估计一天可能就完成了(或许)....
    至于最新增加的功能,大体如下:


    内含子区域直接插入外显子

    前述为了偷懒,只支持了「Slice an Exon」,于是其实操作起来还是不方便。以前的 IGV-GSAme 是支持插入外显子的。想来想去,老铁都提了建议了,就还是要支持下。于是现在可以直接在内含子区域,右键「Add an Exon」。

    直接复刻一个转录本

    基于老铁提议,以后大伙会关注一个基因的多个转录本。而这些可变剪切其实也可以基于 Pacbio 的 isoseq 或者 nanopore 的 Full Length RNAseq 数据来矫正。新建转录本,慢慢调整还是慢了一点。于是,需要直接基于一个转录本,复制出来一个新的转录本。随后在其上调节即可。这个想了想,还是有点用,于是也加上。

    修改转录本名字

    既然能增加转录本,那么就还是要支持转录本名字的自定义。不然就都是「GSAmanXXXXX」,于是就支持了一下。逻辑上这样也更合理一些。

    写在最后

    后台有朋友在问稿费哪里交....或许明天?

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