包
R提供了很多可以直接调用的功能，这些基础的功能是R自带的。R不仅仅只具备基本的某些功能，其还可以通过可选模块的下载和安装来进行实现更多的功能。据统计，目前已经有大约2500多个包（packages）可以直接从由用户贡献的http://cran.r-project.org/web/packages进行下载安装使用。这些包包含了各种领域，包括地理数据分析、蛋白质质谱分析、心理测验分析及生态学分析等。
包的定义
包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。计算机上储存包的目录成为库（library）。函数library()函数能够显示目前library中所包含的所有packages。
library中所含的所有包
R中自带了一系列默认的包（例如base、datesets、utils、stats等），这些默认的包提供众多默认函数和数据集。其他的包（例如ggplot2、vegan等）可以通过下载来进行安装调用。
包的安装
安装包的方式有五种：
1、使用install.packages("包名")进行安装。
install.packages()函数安装vegan包
2、使用Rstudio界面的选项进行安装（包括在线和本地安装两种方式，本地安装需要先进行下载）。
下载vegan包文件
Rstudio界面安装包示意
3、如果所要下载的R包不在R语言官网上，那它极有可能在Bioconductor或者Github上，可以先登录Bioconductor官网（http://www.bioconductor.org/）搜索相关R包，比如edgeR这个包，搜索到后先查看其相关用途，再进行如下安装：
install.packages('BiocManager')
library(BiocManager)
install('edgeR')
下载Bioconductor的R包需使用BiocManager包里的install函数。
4、安装源自Github（https://github.com/）的R包了，它的步骤和安装源自Bioconductor的R包类似，需要先安装devtools包，然后用devtools包里的install_github函数来进行安装，具体代码如下：
#安装需要的包
install.packages("devtools")
install.packages("rJava")
#配置环境及调用包（见包的调用部分）
library(rJava)
library(devtools)
library(usethis)
#安装github是包
devtools::install_github("OHDSI/Achilles")
github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。
5、从github上下载zip包后离线手动安装（这个方法我一般用于安装各种安装不成功的包）
github中下载包
install.packages("devtools")
install.packages("rJava")
library(rJava)
library(devtools)
library(usethis)
devtools::install_local("C://Users//ASUS//Desktop//Achilles-master.zip")
#镜像选择all-- 1
包的载入/调用
包安装成功以后，如果要在R中使用它，就需要使用library()函数来进行载入这个包了。例如要使用vegan包，运行library(vegan)即可。
vegan包的载入/调用
包的使用方法
载入/调用包后，即可使用该包中的函数和数据集了。每个包中会提供岩石学的小型数据集和演示代码，可供我们参考。一般用help(package = "包名")可以输出其包的描述和函数名称列表及数据集。
help()函数调用vegan包的描述和函数名称列表
R语言编程中的常见错误
实践示例
本示例中我们主要完成以下任务：
1、打开帮助文档首页，查看介绍；
2、安装vcd包（可视化类别数据的包）；
3、列出vcd包中可用函数和数据集；
4、载入vcd包并阅读数据集Arthritis的描述和内容；
代码如下：
help.start()
install.packages("vcd")
help(package="vcd")
library(vcd)
Arthritis
example(Arthritis)
q()
安装vcd包
帮助文档首页
介绍
可用函数和数据集
数据集Arthritis
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