Aspera

作者: felixhell | 来源:发表于2020-07-17 11:14 被阅读0次

    用于下载SRR文件。而且速度可以达到非常快。据说是在去年,prefetch(这个是SRA-Toolkits里面的插件)已经不能和aspera联用了。所以就直接下载Aspera就好。当年的prefetch -t ascp -a 的组合,据说是直接把accession id给它就可以直接下载了。现在倒好,还要自己找到Link而且还要改格式。
    还有个坑就是,我是直接用链接下载的。因为conda的镜像里面,我是没找到aspera.(包括aspera-cli和aspera-connect都没找到,可能是我的channels没有设置对吧。)如果你是用浏览器去aspera的官网下载的话,记得别用chrome.因为chrome是不会现实下载的按钮的。(这里jimmy说是网页是javascript写的,然后chrome不兼容。)


    1.wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.1/ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz
    2.之后再tar zxvf 
    3.然后把~/.aspera/connect/bin放入环境变量里面。# 这里注意,密钥在~/.aspera/connect/etc里。
    

    然后由于我用不了https://sra-explorer.info/。据说是一个能知道通过SRP号找到link的网址。就只能自己去NCBI或者EBI上找了。
    下面是在EBI下载的过程。
    首先上它的官网https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home

    进入这个project之后就能看到包含在内的SRR

    右边的那些都是link。但是不能直接使用。(以前应该是可以的)


    可以直接在这里下载下面的表格
    进入后,你会发现link是这样的
    ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/001/SRR1805951/SRR1805951_1.fastq.gz
    要把ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/改成era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/ 下面是改完后的Link
    era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR180/001/SRR1805951/SRR1805951_1.fastq.gz
    然后就可以在ascp上使用了。
    ascp -vQT -k1 -l 400m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR180/001/SRR1805951/SRR1805951_1.fastq.gz .
    #-v(详细模式)
    #-Q(用于自适应流量控制,磁盘限制所需)
    #-T(取消加密)
    #-k1(断点重连)
    #-l(限速)
    #-P (用于SSH身份验证的TCP端口,一般都是P33001)
    #-i (密钥路径)
    

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