mafft可以用来进行快速的序列比对，因为其可以设置多线程。具体的命令行如下：
mafft --thread 20 infile.fa > infile_aligned.fa
接下来等着运算完就可以使用iqtree来建树了，具体命令行如下：
iqtree -s infile_aligned.fa -b 1000
-b指代的是bootstrap值，一般设置为1000。
接下来文件夹中会出现一堆文件，后缀为treefile的文件即最终的树文件。
mafft可以用来进行快速的序列比对，因为其可以设置多线程。具体的命令行如下：
mafft --thread 20 infile.fa > infile_aligned.fa
接下来等着运算完就可以使用iqtree来建树了，具体命令行如下：
iqtree -s infile_aligned.fa -b 1000
-b指代的是bootstrap值，一般设置为1000。
接下来文件夹中会出现一堆文件，后缀为treefile的文件即最终的树文件。
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本文标题：mafft+iqtree构建进化树
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/mikurrtx.html
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