贡入燕都，留京一年，终日静坐，不阅文字。
己巳归，游南雍，未入监，先访云谷会禅师于栖霞山中，对坐一室，凡三昼夜不瞑目。
【译文】
以出贡的机缘而进入北京，在京师一年，我却整天静坐，不看文字。
己巳年回来，进入南京的国子监，在还没有入监读书前，我先去栖霞山拜访了云谷禅师，与他在一间禅室中相对而坐，三天三夜不合眼。
【点评】
了凡先生补贡后即成为被选拔入京师国子监读书的学子，于是他到北京停留了一年。这一年里他终日静坐，无所事事。静坐实则是儒、释、道三家共有的修养方法，儒家有所谓“主静”，有“半日读书，半日静坐”；道家有“心斋”、“坐忘”；佛家更讲禅定，“戒、定、慧”乃“三学”之一。唐代兴起的禅宗，北宗禅和南宗禅对待禅定有着不同的态度，北宗禅神秀一系强调坐的功夫。《六祖坛经》上记载着这样的趣事，神秀曾派弟子志诚来南方六祖处偷听法门，结果被慧能发现，反而问询志诚北宗的教法。志诚言道：“常指诲大众，住心观静，长坐不卧。”慧能则斥之道：“住心观静，是病非禅。长坐拘身，于理何益？”并作偈一首：“生来坐不卧，死去卧不坐；一具臭骨头，何为立功课？”在慧能看来，佛法功夫，在于觉与不觉、悟和不悟的区别，前念迷误则是凡夫，后念悟道就成佛陀。表明了南宗禅反对不了心性、只能修身静坐的渐修途径，提倡直了心性、明彻本源的顿悟之道。
了凡先生不仅终日静坐，而且不阅文字，即是不思进取，丧失了求知的欲望。因为既然一切皆是命定的，那么人为地去求知和作为也都是徒劳和枉然的。此时了凡先生已深深陷入了为命运所拘的无可奈何之中。
一年之后，即隆庆三年（1569），了凡先生回到南京入当时的高等学府国子监读书。南京乃“六朝佳丽地，金陵帝王州”，是东南形胜，亦是人文荟萃的文化中心。了凡先生此时对于读书进取已经丝毫不起心动念，他更关注的是人生观如何为继的问题，所以他到南京后先行去拜望了当时的佛门高僧云谷禅师。之前与孔先生是偶遇，而此次见云谷禅师则是专访，冥冥中还是与佛有缘，其实是人具备了怎样的气禀就会遇到什么样的人和事。
云谷乃禅师的号，其法名为“法会”，明代憨山德清曾经撰有《云谷大师传》。大师早有异志，十九岁便开始行脚参方，遍访名师问道，于道济禅师处受教，修习天台小止观法门。道济禅师指点他：“止观之要，不依身心气息，内外脱然。子之所修，流于下乘，岂西来的意耶？学道必以悟心为主。”说的是不必拘于禅定，而应终于心悟。云谷禅师也曾一度执迷于道济禅师的教化之语，日夜参究，废寝忘食。一天吃饭时连自己吃完了也不知道，一不留神碗掉在地上，当下顿悟，一切放下，放下执着、放下量、放下分别、放下言语，回归本心自性了。
云谷大师所住栖霞山，古称摄山，因山上多珍贵草药，有利于人摄之养生，故而得名。梁朝时武帝曾于栖霞山开凿千佛岭，后来日渐荒废。云谷大师爱其环境幽深，入山修行。后来云谷禅师名声不胫而走，声震金陵。在当地名流和官员们的助益下，栖霞道场得以恢复。以后的栖霞寺也成为东南古刹，名动一方。
云谷大师此时却隐居于栖霞山深处一个叫“天开岩”的地方，一如既往地清修，对待大众往往以参话头来接引，遇到前来拜访者，往往丢一蒲团请其参“父母未生前本来面目”。这种公案在后期禅宗留存的大量语录中屡见不鲜。如问的最多的有“何为佛祖西来意”、“所传之法为何”等。就如同学生追问老师什么是唯一正确的标准答案，其实是拘泥于答案本身。《金刚经》正是教人要扫相破执，《六祖坛经》中南宗禅的思想也是要明心见性。作为一种思维方法，禅宗哲学是引导人去全面整体地把握事物的本质，而非停留于表面。所以佛家让人要无分别心，不起心动念分别，直视事物本来面目。将生命回归到“父母未生前”的湛然空寂，老子《道德经》中也有相类似的思想存在。
了凡先生去参访云谷禅师，由于心如死灰，了无生趣，所以他与云谷禅师一间房间里相对而坐，接连三天三夜都没有合眼，也未曾说过一句话，颇似禅家所说的“不倒单”，仿佛有着高深的道行。
了凡先生之以在燕都能终日静坐，此时又能三昼夜不合眼，可以推论他于静坐上是修学有年的，加之在认识云谷禅师之后，又精研天台禅定之学，以至后来总结自己的心得著成《静坐要诀》一书。该书分为《辨志篇第一》、《豫行篇第二》、《修证篇第三》、《调息篇第四》、《遣欲篇第五》和《广爱篇第六》。
《辨志篇第一》中说要学静坐，先要认清自己的动机：如果是为名闻利养，那就种下地狱的因；为聪明胜人，那就种阿修罗的因；为畏苦报，那就种人天的因；为疾得涅，那就种小乘的因。所以最好是为了普度众生而静坐。
《豫行篇第二》中说要使静坐达到各种禅定成就，首先是要能持戒，使身心清净，罪业消除，如果只因自感恶业深重而自暴自弃，则可以从观心入手，了解此心毕竟空寂，一切诸罪，根本性空。可以发起大悲心，代一切众生忏悔无量无边重罪，还可以从《华严经》的观点求身心不可得，则戒亦不可得而不住于戒。
《修证篇第三》除了介绍一般静坐要领外，提到静中种种奇特光景都要识破。
《调息篇第四》简明扼要地描述了修行的次第。
《遣欲篇第五》介绍了不净观。
《广爱篇第六》则绍述了四无量心，即慈悲喜舍（一为慈无量心，即能与乐之心。二是悲无量心，能拔苦之心。三喜无量心，见人离苦得乐生庆悦之心。四舍无量心，如上述三心舍之而心不存着）。此四心普缘无量众生，引无量之福，故名无量心。
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