GATK4最佳实践-体细胞突变的检测与识别

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分析体细胞突变时，通常采用tumor_vs_nomal 的实验设计。在检测时，由于同时会检测出生殖细胞突变和体细胞突变，需要做的就是去除生殖细胞突变位点，那么剩下的就是体细胞突变位点了，GATK4 采用Mutect2 检测体细胞突变，分析流程如下：

1. 根据normal 样本得到 panel of normal

首先对每个normal 样本，运行Mutect2

gatk Mutect2 \
   -R reference.fa \
   -I normal1.bam \
   -tumor normal1_sample_name \
   --germline-resource af-only-gnomad.vcf.gz \
   -O normal1_for_pon.vcf.gz

然后使用CreateSomaticPanelOfNormals命令创建panel of normal

gatk CreateSomaticPanelOfNormals \
   -vcfs normal1_for_pon_vcf.gz \
   -vcfs normal2_for_pon_vcf.gz \
   -vcfs normal3_for_pon_vcf.gz \
   -O pon.vcf.gz

2. normal_vs_turmor 得到体细胞突变

命令如下：

gatk Mutect2 \
   -R reference.fa \
   -I tumor.bam \
   -tumor tumor_sample_name \
   -I normal.bam \
   -normal normal_sample_name \
   --germline-resource af-only-gnomad.vcf.gz \
   --af-of-alleles-not-in-resource 0.00003125 \
   --panel-of-normals pon.vcf.gz \
   -O somatic.vcf.gz

mutect2检测时，是成对检测的，需要一个normal bam 和 turmor bam， germline-resource指定一个生殖细胞突变的vcf文件，这里选择的是gnomAD数据库 ，链接如下

http://gnomad.broadinstitute.org

这个数据库收集了大量外显子和全基因组测序的SNP calling结果。af-of-alleles-not-in-resource指定germline-resource 变异位点的频率，低于该频率的位点认为是一个不可靠的生殖细胞突变位点。panel-of-normals指定第一步生成的pon.vcf.gz文件。

3. 过滤VCF文件

第一步，运行GetPileupSummaries

gatk-launch GetPileupSummaries \
   -I tumor.bam \
   -V small_exac_common_3.vcf \
   -O pileups.table

第二步，运行CalculateContamination

gatk-launch  CalculateContamination \
   -I pileups.table \
   -O contamination.table

第三步，运行FilterMutectCalls

gatk FilterMutectCalls \
   -V somatic.vcf.gz \
   -contamination-table contamination.table \
   -O filtere

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