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从picard 谈linux上软件的安装

从picard 谈linux上软件的安装

作者: 铃_0d92 | 来源:发表于2020-09-03 20:57 被阅读0次

一、进入https://anaconda.org/ 查看,如果有,那就太方便啦!picard 就是有的!害,我白忙活了一下午

conda install -c bioconda picard

二、如果没有

git clone https://github.com/broadinstitute/picard.git

cd picard  #进入picard文件目录

./gradllew shadowJar  #编译

cd picard/build/libs   #进入libs,见到picard.jar,证明安装成功

三、设置环境变量,就不需要进入/picard/builds/libs/目录也能使用picard

因为 piard 是个 java 编译的 jar.包,然后又不是 root管理员,

vim /home/非root用户名/.bashrc文件

===I键,在该文件最后面加入

PICARD=‘/放picard的位置/picard/bulid/libs/picard.jar’

alias picard="java -jar $PICARD"

===ESC键,:wq 退出

source .bashrc #更新该文件

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