“高颜值”在线可视化分析利器—NetworkAnalyst！

上一期给大家介绍了网络图绘制工具“Cytoscape”，受到了小伙伴们的热烈欢迎，其中有小伙伴问到有没有可以在线绘制网络图的工具呢？那么本期小编将给各位带来的就是一款在线可视化数据挖掘利器—NetworkAnalyst！

NetworkAnalyst是一款可以进行基因表达分析和meta分析的在线可视化分析平台。它不仅可以进行比对、定量、基因表达差异分析和富集分析、蛋白相互作用分析、多个数据集整合分析，还可以进行“高颜值”图片的绘制，如热图、火山图、蛋白互作网络图、韦恩图、PCA等。目前我们使用的版本为NetworkAnalyst 3.0。这个版本在2019年发表于质量很高的Nucleic Acids Research杂志上。另外，NetworkAnalyst的更新速度是很快的，从2014年版本发布到2021年，每年都有升级更新，而一款在线分析网站的更新频率可以影响分析结果的实时性，可靠性。因此，NetworkAnalyst是很值得推荐的。下面就来详细的介绍下这款神器！

NetworkAnalyst在线工具网址：https://www.networkanalyst.ca

一、数据上传

NetworkAnalyst 支持图片中5种数据上传，数据上传限制：<50MB

样本上传限制：~300 样本，20000基因。

二、数据处理和分析

1. Filtering数据过滤：绘制数据质控图；

2.Normalization数据标准化处理：对表达数据进行标准化处理；

3.DE差异基因筛选：使用差异基因筛选方法对数据进行差异基因筛选，如Limma、EdgeR、DESeqR等；

4.Meta-analysis 综合分析：P值处理，数据合并等。

三、多数据库数据整合分析

整合多个数据库，进行结果的分析。

四、多维数据整合绘图

根据整合的多数据库分析结果进行图片绘制，如聚类图，网络图，火山图等。

五、实例

以应用较多的“Gene List Input”为例给大家做介绍。

1.上传数据

点击主界面的“Gene List Input”，进入如下界面，参数介绍如下：

（1） Specify organism：选择待分析的物种类型，目前支持人、大鼠、小鼠等23个物种。

（2）Set ID type：分析的基因ID类型，如Entrez ID、Ensembl Gene ID、Ensembl Transcript ID等。

（3）Copy-and-paste one or more gene lists：粘贴要分析的基因信息，可以是一列数据，一列Entrez ID、Official gene symbol;也可以是2列数据，一列Entrez ID，一列FC值。

（4） Upload:上传数据，会检查数据格式是否合格，合格会弹出检查ok的通知。

（5） Proceed:上传的数据合格后，点击“Proceed”，开始进行分析。

这里以网站自带的基因列表为例进行演示，点击“Try example”，可以看到网站提供6个基因列表，我们以第1个列表为例进行演示。

点击“Yes”，发现会自动填入搜索栏，点击“Upload”上传，弹出OK的通知就说明上传成功了。

2，分析

点击“Proceed”，选择可视化图形。这里提供了多个数据展示类型。下面挑选了几个例子为大家展示。

（1） Protein-protein Interactions (PPI)—Generic PPI

点击“Generic PPI”后进入如下界面，进行蛋白网络数据库选择，这里有IMEx、STRING、HuRI和Rolland。选择后点击ok确认。点击“Proceed”运行。

在运行结果中点击Download可下载蛋白互作网络，网络主要信息是一个3列的sif的文本文件（基因，边，基因）。点击右侧红框内的按钮，可对网络进行设置。先前分析的基因被映射到相应的分子相互作用数据库。这个过程通常产生一个大的子网络和几个较小的子网络。可直接点击相应的“Proceed”进行查看。

左侧绿框内显示为网络图中每个基因节点的信息。点击右侧红框中“Function Explorer”可选择通路数据库，Submit后可以得到功能富集的表格。点击“Model Explorer”设置Algorithm，Submit后，左下方红框中会生成模块表格，选中某个模块，中间的网络图会以蓝色的点标记这个模块，并且左下角的框内会显示模块中的基因信息。点击网络图左侧的“3D”，网络图可变成3D形式。点击“download”可进行保存。

（2） Gene Regulatory Networks (GRN)—Gene-miRNA Interactions

点击“Gene-miRNA Interactions”进入数据库选择界面，选择好后点击OK，然后点击“Proceed”运行。

结果中可行使的功能同上。

（3）Diseases, drugs & chemicals—Protein-drug Interactions

点击“Protein-drug Interactions”进入数据库选择界面：

Protein-drug的数据，NetworkAnalyst 3.0默认使用DrugBank数据库，点击OK，然后点击“Proceed”得到结果。

结果中可行使的功能同上。

（4）Gene Coexpression Networks—Tissue-specific Coexpression

构建组织特异的共表达网络，点击“Tissue-specific Coexpression”进入参数选择界面，选择基因所在的组织信息，默认使用TCSBN数据库，点击ok。

结果中可行使的功能同上。

除了网络图之外，NetworkAnalyst还可以展示热图、韦恩图、弦图、火山图等。为了方便展示，这里选择的数据改为“Multiple Lists”,注意基因列表要以“//”进行分割。

（5）Meta-analysis Overview—Interactive Venn Diagram

点击“Interactive Venn Diagram”进入界面，得到如下结果展示，

左上角的红框可选择分析的数据，点击韦恩图的不同区域，如红色箭头所示，在左下角红框内会显示该区域的基因信息。右侧红框中的“Enrichment Analysis”部分，可对该基因进行功能数据库富集分析。

（6）Meta-analysis Overview—Interactive Chord Diagram

点击“Interactive Chord Diagram”进入界面，得到如下结果展示，

同样，可以进行如上韦恩图的操作：选择数据集、显示基因信息、功能富集分析等。图片保存也很简单，直接点击保存即可保存为.svg格式的图片。

以上就是小编分享的可视化分析利器—NetworkAnalyst！你get了吗？之前还不熟悉这个神器的小伙伴学完后可以试试它的强大功能啦！官网教程链接https://dev.networkanalyst.ca/NetworkAnalyst/docs/Tutorial.xhtml。

参考文献：

Zhou, G., Soufan, O., Ewald, J., Hancock, REW, Basu, N. and Xia, J. (2019) "NetworkAnalyst 3.0: a visual analytics platform for comprehensive gene expression profiling and meta-analysis"Nucleic Acids Research (doi:10.1093/nar/gkz240)