操作酵母菌基因组数据库（SGD）中的SGD_features.tab文件，文件描述：“染色体特征，坐标，基因描述。”
示例数据来源链接
https://downloads.yeastgenome.org/curation/chromosomal_feature/SGD_features.tab
http://data.biostarhandbook.com/data/SGD_features.tab
http://data.biostarhandbook.com/data/SGD_features.README
wget或curl从指定链接下载
# Create a work directory for a unix tutorial work.
mkdir unixtut
# Switch to the new directory you will work in.
cd unixtut
# Get the data from SGD.
wget http://data.biostarhandbook.com/data/SGD_features.tab
# Also get the README file.
wget http://data.biostarhandbook.com/data/SGD_features.README
# Quick check. Where are you and what have you got?
pwd
ls
来源于Unix的命令可以使用man打开帮助手册查看可用的命令行选项
其他软件来源的命令可以尝试-h -help --help等获取帮助
- 命令行选项格式（后称作flags formats）
- -和字母组合，如：
-h - --和单词组合，如：
--help - 某些生信工具会将两者自由组合，如：
-genome - 有些flag后会有额外的参数，如：
-p和-p 100
cat 看README文件
less SGD_features.README
cat 通过管道 | 传递命令给 wc -l， 显示数据有多少行
cat SGD_features.tab | wc -l
#如下可以执行同样的操作
wc -l SGD_features.tab
#但更推荐首先使用cat打开数据流，这样设计、构建和理解复杂的管道会更容易。
cat 查看tab文件
cat SGD_features.tab #大量内容从眼前闪过，根本看不清
#head 显示数据的头部
cat SGD_features.tab | head
grep 匹配数据中包含基因YAL060W相关的行
cat SGD_features.tab | grep YAL060W
#显示匹配到的行，高亮匹配词，显示头部
cat SGD_features.tab | grep YAL060W --color=always | head
#这里 --color=always在pattern “YAL060W”有点奇怪，改变顺序也不影响输出结果
grep -v 显示匹配不上的行数
cat SGD_features.tab | grep -v Dubious | wc -l
> 将匹配到的内容写入新的文件
cat SGD_features.tab | grep YAL060W > match.tab
ls
#这时候应该多了一个match.tab文件
cut -f 取出某一列
cat SGD_features.tab | cut -f 2 | head #第二列为feature type
cat SGD_features.tab | cut -f 2 | grep ORF | head #匹配出feature type为ORF的行，ORF代表可转录的基因
#gene的个数
cat SGD_features.tab | cut -f 2 | grep ORF | wc -l
cut -f 可以一次选取多个不连续的列，并进行操作
cat SGD_features.tab | cut -f 2,3,4 | grep ORF | head
cat SGD_features.tab | cut -f 2,3,4 | grep ORF | grep -v Dubious | wc -l
探索该数据集中的feature type
#备份出1个新文件，在新文件中操作
cat SGD_features.tab | cut -f 2 > types.txt
#sort 对行进行排序
cat types.txt | sort | head
#uniq 去除重复的行
cat types.txt | sort | uniq | head
#uniq -c 同时给出重复的行的数量
cat types.txt | sort | uniq -c | head
#sort -n 按数字排序
cat types.txt | sort | uniq -c | sort -n | head
#sort -r 反向排序
cat types.txt | sort | uniq -c | sort -rn | head
#发现CDS（蛋白质编码序列）最多7074个,
#其次为ORF（开放阅读框）6604个,
#后面依次为非编码外显子、长末端重复序列、内含子、ARS（自主复制序列）...
sort | uniq -c | sort -rn 是一个非常有用的命令组合
因为uniq只对临近的重复的行起作用，因此要sort对行预先进行排序
有很多有用的命令组合，因此要多学习别人的代码，发现那些你需要的。
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